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- PDB-5xv1: Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xv1
タイトルCrystal structure of ATG101-ATG13HORMA
要素
  • Autophagy-related protein 101
  • Autophagy-related protein 13
キーワードPROTEIN BINDING / AUTOPHAGY / ATG101 / ATG13 / HORMA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / HORMA domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 101
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.508 Å
データ登録者Kim, B.-W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA
著者: Kim, B.-W. / Song, H.K.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.unpublished_flag
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 13
B: Autophagy-related protein 101
C: Autophagy-related protein 13
D: Autophagy-related protein 101


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3644
ポリマ－92,3644
非ポリマー00
水57632
1
A: Autophagy-related protein 13
B: Autophagy-related protein 101


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1822
ポリマ－46,1822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
C: Autophagy-related protein 13
D: Autophagy-related protein 101


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1822
ポリマ－46,1822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.483, 125.505, 101.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 13


分子量: 21319.652 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75143
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 101


分子量: 24862.424 Da / 分子数: 2 / Mutation: K40A/K41A/E42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG101, C12orf44, PP894 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSB4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5084→50 Å / Num. obs: 36707 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.755 / Net I/av σ(I): 15.541 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 229055

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XYU

5xyu


解像度: 2.508→32.984 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1998 5.45 %
Rwork0.2105 --
obs0.2128 36673 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 224.9 Å2 / Biso mean: 78.872 Å2 / Biso min: 30.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.508→32.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6063 0 0 32 6095
Biso mean---60.22 -
残基数----793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9268356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5823696
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5084-2.57110.30851280.29342233236189
2.5711-2.64060.35861440.273124842628100
2.6406-2.71830.32241430.274924722615100
2.7183-2.8060.35351430.274324792622100
2.806-2.90620.3071430.26624932636100
2.9062-3.02250.32871420.249824802622100
3.0225-3.15990.31161440.244525072651100
3.1599-3.32640.26031440.244424922636100
3.3264-3.53460.29991430.234124812624100
3.5346-3.80710.24321430.207524962639100
3.8071-4.18960.22011450.191924982643100
4.1896-4.79420.20911450.172525152660100
4.7942-6.03420.22121440.191725012645100
6.0342-32.98730.21381470.177325442691100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86660.57680.80124.2302-0.33495.7917-0.0377-0.0030.3367-0.9352-0.3085-0.06120.7526-0.0630.38620.577-0.03660.07380.46310.01810.4678-22.71756.9903225.1096
23.67322.8197-0.14884.3236-0.28815.37220.07980.9523-0.6169-1.60440.29170.98272.7664-0.00930.35411.7186-0.14490.13340.6827-0.06220.4577-26.7018-4.0639217.8115
31.6410.7023-1.24451.52240.59652.3122-0.13490.2903-0.3738-0.5733-0.13220.25582.1328-0.33060.35951.6451-0.19180.01580.6794-0.04490.7583-26.1444-12.45230.7605
41.6350.1853-0.06651.8670.43531.8599-0.3475-0.8407-1.40070.16460.46670.61011.4381-1.5653-0.40441.0513-0.2324-0.30131.3679-0.01211.3535-44.25438.4791225.144
52.37270.588-1.77352.69091.63685.1762-0.0235-0.2603-0.0317-0.1005-0.26240.22741.0174-0.0070.41720.4758-0.12620.06450.4596-0.00470.5189-24.09271.7169235.3116
61.64140.5662-0.69062.3003-0.67335.71340.2281-0.7598-1.2601-1.32710.05310.85712.6049-0.286-0.26012.0466-0.2945-0.1420.6198-0.09430.8055-28.5089-13.8137229.5066
72.1818-1.0922-0.39523.62531.15390.53560.1702-0.7437-0.62480.02580.32521.42921.6122-1.5237-0.21331.1101-0.52760.00370.9955-0.05760.7943-35.2822-1.6276233.2277
81.8730.5346-1.29363.2818-0.57274.48080.019-0.3794-0.38530.40360.04150.2891-0.3963-0.06350.01990.4479-0.1150.03590.52480.04290.4292-25.82258.1083252.1495
92.10610.0229-0.34172.3211-2.21293.0398-0.0483-0.1497-0.06110.1687-0.3969-0.511-0.22940.59980.36020.3751-0.0594-0.06190.50710.04460.4863-19.39413.7431238.3269
103.57920.1648-0.6863.8813-0.74445.76890.0543-0.7801-0.55281.3433-0.9319-0.8434-1.21811.20460.33120.9904-0.2963-0.16640.73980.1860.5946-16.075314.612257.148
113.47671.2166-1.01333.5009-0.62213.43630.0188-0.64450.02220.72460.3570.5895-0.7608-0.57160.07791.07280.06510.08810.589-0.04020.5225-29.26718.2864254.7368
120.24490.0250.09384.43633.58712.9570.7280.76330.33321.9681-1.36410.9019-2.74080.26330.07092.067-0.05360.01970.7471-0.03761.0498-35.553440.7546250.0433
131.4769-1.0018-0.84466.4209-2.92063.9622-0.2151-0.7476-0.16331.41070.68120.6053-0.9701-1.01250.16870.7661-0.04160.12040.7082-0.10910.6135-28.662411.0043256.2978
143.2506-0.35683.35275.2558-1.4857.6229-0.0226-0.7696-0.485-0.02950.15090.33520.8636-0.764-0.13320.5039-0.09470.18870.59620.06080.6162-24.5409-2.598251.8905
153.34071.003-0.70295.9857-2.12724.68260.5263-0.7140.7240.58450.3171.651-1.9474-1.3652-0.48761.31130.4150.16890.77530.07840.819-33.006925.42237.4211
162.89871.0451-0.795.3697-0.83195.98310.40940.15840.1330.686-0.3744-0.6051-0.98530.2717-0.5020.7853-0.1375-0.0010.4775-0.04470.5648-22.098822.9083239.9697
171.23060.9323-1.64311.1455-2.31946.19950.3857-0.24810.11231.3418-0.05990.2064-1.7122-0.4182-0.11071.4654-0.32490.10480.6988-0.08790.4149-25.715918.2264257.4287
181.64690.1606-1.94698.3793-1.43492.67150.8210.2020.9735-0.56050.03351.0577-0.48530.7012-1.05341.55670.0650.06350.92030.14241.1967-37.15695.5091271.132
192.00371.2383-4.22057.27893.39473.6716-0.18670.63331.7987-0.0084-0.38231.3866-3.2895-3.4591.26712.32850.3659-0.51012.5184-0.38371.2556-49.6037-7.0621270.3741
202.9767-0.70180.86892.73260.2753.6017-0.1477-0.2982-0.78110.1781-0.040.31250.1392-0.40410.05710.30110.04930.0260.49430.02090.5372-28.528945.7953221.4646
214.2793-0.3094-1.03381.5329-2.38794.48080.0720.32840.14810.8587-0.3862-2.7213-0.59621.07450.44990.5026-0.0958-0.12980.77460.14610.669-8.723746.0654216.2929
221.338-1.1343-1.38235.19980.10751.5713-0.3546-0.1102-0.57831.6384-0.1732-0.73270.260.41510.43210.6283-0.0423-0.03180.50620.07240.5225-18.175939.9157222.1283
233.2321-1.0869-2.86283.61320.21435.08280.5216-0.20380.51410.3741-0.07810.1429-1.2393-0.1962-0.30640.67540.06210.01150.5232-0.00640.5294-25.361260.0182219.5227
240.07210.09040.17570.06130.09390.7397-0.2228-1.38090.01090.10170.1350.51120.2214-1.76390.32880.7317-0.0258-0.31261.124801.471-39.717440.464213.4402
251.12780.0657-1.29572.316-1.19422.5178-0.08750.30980.0134-0.0388-0.09270.50460.1447-0.18650.23880.2320.036-0.16220.4707-0.01080.5386-24.021843.8067211.2992
261.4963-2.1395-1.86944.24330.04486.43910.6654-0.2611.3330.6457-0.2597-0.1137-1.56690.5026-0.03090.8474-0.15710.09540.48-0.05150.7818-14.85262.4449214.2544
274.30590.07630.86982.44060.32720.31870.71240.10851.1699-0.97970.13182.3574-0.6599-1.2957-0.33871.04410.26960.14790.69460.1451.3642-29.099767.6677208.9803
282.0432-0.42920.17182.72091.9361.588-0.3031.18820.6726-1.47820.31091.04890.1777-0.8899-0.19470.39090.2237-0.10910.82070.12590.709-30.777252.3354208.5003
291.62740.1318-1.37495.3254-1.86033.91840.13080.1383-0.0228-0.6265-0.2795-0.08020.32340.31390.11610.33140.1075-0.00530.47050.08030.4023-14.277439.948202.9386
301.8030.22911.13454.38620.95030.7381-0.19260.1449-0.0044-1.0832-0.1827-0.38270.40970.09480.40160.99350.08410.27370.6306-0.0020.5705-11.414630.9623192.4445
311.73340.644-0.72476.09691.46714.52450.24090.43460.1488-0.5958-0.1524-0.1455-0.1508-0.1073-0.10980.62750.1441-0.06670.52150.08020.4353-14.405748.2228193.3239
322.4836-0.3959-2.21574.0765-1.25156.7596-0.17020.3023-0.2989-0.7804-0.1733-0.05151.3992-0.42780.39810.89490.05120.05540.4824-0.06240.5957-19.795928.3191202.9545
330.29350.42960.37511.46591.21031.1517-0.6879-0.64340.32171.24060.44520.47371.3568-0.93880.34991.36390.0240.141.16940.10731.1933-25.556752.2451172.6019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 58 )A6 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 78 )A59 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 103 )A79 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 114 )A104 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 147 )A115 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 148 through 168 )A148 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 169 through 190 )A169 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 31 )B1 - 31
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 32 through 69 )B32 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 70 through 90 )B70 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 106 )B91 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 107 through 114 )B107 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 115 through 133 )B115 - 133
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 134 through 161 )B134 - 161
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 162 through 176 )B162 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 177 through 189 )B177 - 189
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 190 through 196 )B190 - 196
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 197 through 204 )B197 - 204
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 205 through 211 )B205 - 211
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 6 through 32 )C6 - 32
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 33 through 42 )C33 - 42
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 43 through 58 )C43 - 58
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 59 through 103 )C59 - 103
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 104 through 115 )C104 - 115
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 116 through 133 )C116 - 133
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 134 through 157 )C134 - 157
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 158 through 168 )C158 - 168
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 169 through 190 )C169 - 190
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 69 )D1 - 69
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 70 through 114 )D70 - 114
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 115 through 161 )D115 - 161
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 162 through 196 )D162 - 196
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 197 through 216 )D197 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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