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- PDB-5xtt: Crystal structure of RmMan134A-M3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xtt
タイトルCrystal structure of RmMan134A-M3 complex
要素beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / Complex
機能・相同性: / Glycosyl hydrolase family 134 / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / metabolic process / Uncharacterized protein / Man134A
機能・相同性情報
生物種Rhizopus microsporus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, S.Q. / Huang, P. / Ma, J.W.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical insights into the substrate-binding mechanism of a novel glycoside hydrolase family 134 beta-mannanase.
著者: You, X. / Qin, Z. / Li, Y.X. / Yan, Q.J. / Li, B. / Jiang, Z.Q.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,4-mannanase
B: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5834
ポリマ－36,5742
非ポリマー1,0092
水5,549308
1
A: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7912
ポリマ－18,2871
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
2
B: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7912
ポリマ－18,2871
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.051, 59.085, 122.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 beta-1,4-mannanase


分子量: 18286.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizopus microsporus (菌類) / 遺伝子: BCV71DRAFT_26579, RMCBS344292_04886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1NDE2, UniProt: A0A2U8ZTY7*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, HEPES Na, 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30.5 Å / Num. obs: 35620 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-2474-000精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→30.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 --
Rwork0.1872 --
obs-35620 98 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 68 308 2886
LS精密化 シェル最高解像度: 1.75 Å / Num. reflection obs: 3386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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