PDB-5xtk: Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xtk

タイトル

Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Yersinia pestis

要素

Xanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Yersinia pestis
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2017年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xtk.cif.gz	135.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xtk.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xtk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nulS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n7w-d 5esc-d 1a96-d 6lsv-d 5kot-d 3oaj-d 4jit-d 4gja-d 7cyg-d 4j0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (6) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xanthine phosphoribosyltransferase

B: Xanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xanthine phosphoribosyltransferase

B: Xanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Xanthine phosphoribosyltransferase

B: Xanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.557, 66.557, 165.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-461- HOH

#1: タンパク質	Xanthine phosphoribosyltransferase / Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase / XGPRT 分子量: 16985.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: gpt, YPO3225, y0963, YP_0708 / プラスミド: LIC-PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZC05, xanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 % / Mosaicity: 0.433 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Lithium sulphate, 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.074 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.074 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→66.56 Å / Num. obs: 39181 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.069 / R_sym value: 0.054 / Χ²: 0.926 / Net I/av σ(I): 39.05 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.74-1.77	10.5	0.584	3.74	1893	0.923	0.186	0.614	0.491	0.729	98.8
1.77-1.8	13.1	0.496			0.952	0.14	0.516		0.795	100
1.8-1.84	15	0.419			0.977	0.111	0.434		0.811	100
1.84-1.87	14.8	0.35			0.978	0.093	0.362		0.853	100
1.87-1.92	14.8	0.31			0.986	0.083	0.321		0.896	100
1.92-1.96	14.7	0.261			0.986	0.07	0.271		0.943	100
1.96-2.01	14.8	0.207			0.991	0.055	0.215		0.963	100
2.01-2.06	14.7	0.179			0.993	0.048	0.186		0.987	100
2.06-2.12	14.7	0.152			0.994	0.041	0.158		1.033	100
2.12-2.19	14.7	0.131			0.995	0.035	0.136		1.017	100
2.19-2.27	14.6	0.118			0.996	0.032	0.122		1.038	100
2.27-2.36	14.6	0.104			0.997	0.028	0.108		0.998	100
2.36-2.47	14.7	0.092			0.997	0.025	0.095		0.985	100
2.47-2.6	14.7	0.077			0.998	0.021	0.08		0.97	100
2.6-2.76	14.6	0.068			0.998	0.018	0.071		0.936	100
2.76-2.98	14.7	0.063			0.998	0.017	0.066		0.938	100
2.98-3.27	14.5	0.061			0.998	0.017	0.063		1.113	100
3.27-3.75	14.2	0.057			0.999	0.016	0.059		1.192	100
3.75-4.72	14.1	0.042			0.999	0.012	0.044		0.806	100
4.72-66.53	14.3	0.032			0.999	0.009	0.033		0.483	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NUL

1nul

解像度: 1.74→66.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.328 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19654	1931	5 %	RANDOM
R_work	0.16626	-	-	-
obs	0.16773	37024	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.74→66.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2337	0	29	178	2544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.969	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.795	3	5505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.039	23.241	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.421	15	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.956	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.294	1.62	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.267	1.617	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.139	2.416	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.141	2.418	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.749	1.892	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.749	1.894	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.817	2.737	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.16	19.02	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.09	18.748	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.739→1.784 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	118	-
R_work	0.187	2514	-
obs	-	-	93.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1169	-0.0434	0.1354	0.2086	-0.0867	0.2202	0.0341	-0.0247	-0.045	-0.0238	0.0237	0.044	-0.0045	-0.0623	-0.0577	0.0457	0.0178	-0.0137	0.0281	0.009	0.0234	-13.7236	-28.1016	-15.1247
2	0.0468	0.0145	0.058	0.3812	-0.033	0.293	0.0274	0.0202	-0.0134	-0.0599	0.0094	-0.0711	0.0001	0.0252	-0.0368	0.0371	0.0133	0.0096	0.0196	-0.0096	0.0208	6.9307	-31.7346	-19.5378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 475
2	X-RAY DIFFRACTION	2	all	B	2 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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