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Yorodumi- PDB-5xtk: Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xtk | ||||||
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Title | Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Yersinia pestis | ||||||
Components | Xanthine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Yersinia pestis Authors: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xtk.cif.gz | 135.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xtk.ent.gz | 104.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xtk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xtk_validation.pdf.gz | 802.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xtk_full_validation.pdf.gz | 804.7 KB | Display | |
Data in XML | 5xtk_validation.xml.gz | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5xtk_validation.cif.gz | 21.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1nulS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16985.516 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: gpt, YPO3225, y0963, YP_0708 / Plasmid: LIC-PET30A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8ZC05, xanthine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | ChemComp-5GP / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.37 % / Mosaicity: 0.433 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M Lithium sulphate, 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.074 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.074 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.74→66.56 Å / Num. obs: 39181 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.054 / Χ2: 0.926 / Net I/av σ(I): 39.05 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1NUL Resolution: 1.74→66.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.328 / SU ML: 0.055 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.616 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.74→66.56 Å
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Refine LS restraints |
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