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- PDB-5xso: Crystal structure of full-length FixJ from B. japonicum crystalli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xso
タイトルCrystal structure of full-length FixJ from B. japonicum crystallized in space group C2221
要素Response regulator FixJ
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Response Regulater / FixJ/NarL Family / Full-length / unphosphorylated monomeric state
機能・相同性
機能・相同性情報


Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.778 Å
データ登録者Nishizono, Y. / Hisano, T. / Sawai, H. / Shiro, Y. / Nakamura, H. / Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2018
タイトル: Architecture of the complete oxygen-sensing FixL-FixJ two-component signal transduction system.
著者: Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nishizono, Y. / Hisano, T. / Kamaya, M. / Nukina, K. / Nishitani, H. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. / Shiro, Y. / Sawai, H.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator FixJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,00011
ポリマ－23,3561
非ポリマー64510
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.849, 79.335, 120.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Response regulator FixJ


分子量: 23355.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: fixJ, AF336_29235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M9B7W0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.96 %
解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 8000, PEG 1000, sodium formate, glycerol, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 53635 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.832 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化解像度: 1.778→39.674 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 3397 6.33 %
Rwork0.1707 --
obs0.1729 53635 85.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.778→39.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 0 42 257 1826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2682187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0111366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7783-1.80370.3131560.2764837X-RAY DIFFRACTION34
1.8037-1.83070.3002710.24751072X-RAY DIFFRACTION43
1.8307-1.85930.2795790.22111198X-RAY DIFFRACTION49
1.8593-1.88980.22271040.22191404X-RAY DIFFRACTION57
1.8898-1.92230.21091010.22351533X-RAY DIFFRACTION63
1.9223-1.95730.21441150.20571739X-RAY DIFFRACTION70
1.9573-1.99490.22491200.19371813X-RAY DIFFRACTION75
1.9949-2.03570.2211370.18642006X-RAY DIFFRACTION81
2.0357-2.07990.20841410.18422103X-RAY DIFFRACTION87
2.0799-2.12830.19961510.1852294X-RAY DIFFRACTION93
2.1283-2.18150.22731610.18112363X-RAY DIFFRACTION96
2.1815-2.24050.22821650.17252436X-RAY DIFFRACTION99
2.2405-2.30640.17031680.17932458X-RAY DIFFRACTION100
2.3064-2.38090.20441620.16532418X-RAY DIFFRACTION100
2.3809-2.46590.19811710.16882481X-RAY DIFFRACTION100
2.4659-2.56470.17971700.17282431X-RAY DIFFRACTION100
2.5647-2.68140.20631660.16762475X-RAY DIFFRACTION100
2.6814-2.82270.18591670.1742464X-RAY DIFFRACTION100
2.8227-2.99950.2021660.16512432X-RAY DIFFRACTION100
2.9995-3.2310.21981670.16952448X-RAY DIFFRACTION100
3.231-3.55590.22581600.1612493X-RAY DIFFRACTION100
3.5559-4.070.18591660.14792434X-RAY DIFFRACTION100
4.07-5.12610.17261690.13832451X-RAY DIFFRACTION100
5.1261-39.68370.22951640.18412455X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12271.4366-0.04213.50270.5163.5890.0809-0.4348-0.52250.03810.3964-0.1420.02310.6198-0.29160.1468-0.0874-0.0880.24030.12870.268210.019412.156413.2311
22.5569-1.5022.57448.2394-6.73216.2987-0.22070.76030.3479-0.6542-0.042-0.0461-0.30250.09270.17930.68250.1540.10940.41430.17110.07717.93036.236639.2738
33.50740.1791-0.39133.98320.5442.00230.05740.29630.0103-0.6438-0.39160.34720.039-0.04060.23110.14760.0689-0.04490.1211-0.05030.083712.0027-3.713251.5099
42.0004-4.55195.96862.43780.12799.8815-0.04620.43160.8722-0.0006-0.04430.2106-1.37340.20870.09420.80030.0637-0.07120.58140.2030.371610.730816.606430.6599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 123 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 129 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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