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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xso | ||||||
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タイトル | Crystal structure of full-length FixJ from B. japonicum crystallized in space group C2221 | ||||||
要素 | Response regulator FixJ | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Response Regulater / FixJ/NarL Family / Full-length / unphosphorylated monomeric state | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.778 Å | ||||||
データ登録者 | Nishizono, Y. / Hisano, T. / Sawai, H. / Shiro, Y. / Nakamura, H. / Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Signal / 年: 2018 タイトル: Architecture of the complete oxygen-sensing FixL-FixJ two-component signal transduction system. 著者: Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nishizono, Y. / Hisano, T. / Kamaya, M. / Nukina, K. / Nishitani, H. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xso.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xso.ent.gz | 77.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xso | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23355.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: fixJ, AF336_29235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M9B7W0 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.96 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG 8000, PEG 1000, sodium formate, glycerol, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 53635 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 45.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.832 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.778→39.674 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.778→39.674 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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