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万見
- PDB-5xs1: Solution structure of Crustacean Hyperglycemic Hormone-like (CHH-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xs1
タイトルSolution structure of Crustacean Hyperglycemic Hormone-like (CHH-L) from the Scylla Olivacea
要素Hyperglycemic hormone-like peptide
キーワードHORMONE / Crustacean Hyperglycemic Hormone / neuropeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide hormone activity / neuropeptide signaling pathway / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Crustacean neurohormone H / Crustacean neurohormone H / Hyperglycemic hormone type 1 / Hyperglycemic hormone / Crustacean neurohormone, conserved site / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone superfamily / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family / Arthropod CHH/MIH/GIH neurohormones family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyperglycemic hormone-like peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Scylla olivacea (甲殻類)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Chen, Y.R. / Lyu, P.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of Crustacean Hyperglycemic Hormone-like (CHH-L) from the Scylla Olivacea
著者: Chen, Y.R. / Lyu, P.C.
履歴
登録2017年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyperglycemic hormone-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5121
ポリマ－8,5121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5070 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hyperglycemic hormone-like peptide


分子量: 8511.561 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scylla olivacea (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5A599

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic33D (H)CCH-TOCSY
131isotropic33D (H)CCH-COSY
141isotropic33D 1H-15N NOESY
151isotropic13D HNCA
1121isotropic13D HN(CO)CA
1111isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic23D H(CCO)NH
161isotropic23D HBHA(CO)NH
1131isotropic33D CC(CO)NH
1141isotropic33D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.9 mM [U-13C; U-15N] CHH-L, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.9 mM / 構成要素: CHH-L / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: citrate phosphate 10 mM; sodium chloride 100 mM; potassium chloride 10 mM; L-Glu 50 mM; sodium azide 0.02%
イオン強度: 0.13 M / Label: condition_1 / pH: 3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System7001
Bruker AvanceBrukerAvance6002
Bruker AvanceBrukerAvance8503

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
TOPSPINBruker Biospincollection
SPARKYGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MolmolKoradi, Billeter and Wuthrichstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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