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- PDB-5xs0: Structure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xs0
タイトルStructure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52
要素
  • DNA repair protein RAD52 homolog
  • ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードRECOMBINATION / Protein-DNA complex / ssDNA annealing protein / DNA repair protein
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad52/59/22 / DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saotome, M. / Saito, K. / Yasuda, T. / Sugiyama, S. / Kurumizaka, H. / Kagawa, W.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
JSPS KAKENHIJP24570138 日本
JSPS KAKENHIJP26116521 日本
JSPS KAKENHIJP16H01316 日本
JSPS KAKENHIJP25116002 日本
JSPS KAKENHIJP25250023 日本
JSPS KAKENHIJP17H01408 日本
Japan Private School Promotion Foundation 日本
引用ジャーナル: iScience / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Homology-Directed DNA Repair Mediated by RAD52
著者: Saotome, M. / Saito, K. / Yasuda, T. / Ohtomo, H. / Sugiyama, S. / Nishimura, Y. / Kurumizaka, H. / Kagawa, W.
履歴
登録2017年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD52 homolog
B: DNA repair protein RAD52 homolog
C: DNA repair protein RAD52 homolog
D: DNA repair protein RAD52 homolog
E: DNA repair protein RAD52 homolog
F: DNA repair protein RAD52 homolog
G: DNA repair protein RAD52 homolog
H: DNA repair protein RAD52 homolog
I: DNA repair protein RAD52 homolog
J: DNA repair protein RAD52 homolog
K: DNA repair protein RAD52 homolog
L: DNA repair protein RAD52 homolog
M: DNA repair protein RAD52 homolog
N: DNA repair protein RAD52 homolog
O: DNA repair protein RAD52 homolog
P: DNA repair protein RAD52 homolog
Q: DNA repair protein RAD52 homolog
R: DNA repair protein RAD52 homolog
S: DNA repair protein RAD52 homolog
T: DNA repair protein RAD52 homolog
U: DNA repair protein RAD52 homolog
V: DNA repair protein RAD52 homolog
W: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
X: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
Y: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
Z: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)531,06626
ポリマ－531,06626
非ポリマー00
水00
1
A: DNA repair protein RAD52 homolog
B: DNA repair protein RAD52 homolog
C: DNA repair protein RAD52 homolog
D: DNA repair protein RAD52 homolog
E: DNA repair protein RAD52 homolog
F: DNA repair protein RAD52 homolog
G: DNA repair protein RAD52 homolog
H: DNA repair protein RAD52 homolog
I: DNA repair protein RAD52 homolog
J: DNA repair protein RAD52 homolog
K: DNA repair protein RAD52 homolog
Y: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

Z: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,25613
ポリマ－266,25613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y+1/2,-z-11
Buried area63010 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area81650 Å2
手法PISA
2
L: DNA repair protein RAD52 homolog
M: DNA repair protein RAD52 homolog
N: DNA repair protein RAD52 homolog
O: DNA repair protein RAD52 homolog
P: DNA repair protein RAD52 homolog
Q: DNA repair protein RAD52 homolog
R: DNA repair protein RAD52 homolog
S: DNA repair protein RAD52 homolog
T: DNA repair protein RAD52 homolog
U: DNA repair protein RAD52 homolog
V: DNA repair protein RAD52 homolog
W: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
X: ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,81013
ポリマ－264,81013
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62620 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area81210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.224, 164.408, 166.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
DNA repair protein RAD52 homolog


分子量: 23713.785 Da / 分子数: 22 / 断片: UNP residues 1-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P43351
#2: DNA鎖 ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1690.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2268.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2846.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 ssDNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2557.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: lithium citrate, PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月1日
放射モノクロメーター: NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.63 Å / Num. obs: 107806 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5281 / CC1/2: 0.733 / Rsym value: 0.686 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KN0

1kn0


解像度: 3→48.529 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 5188 4.83 %
Rwork0.221 --
obs0.2225 107485 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31852 615 0 0 32467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57144554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60819898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.03410.35251560.31363403X-RAY DIFFRACTION98
3.0341-3.06980.3311520.30423390X-RAY DIFFRACTION100
3.0698-3.10720.35162060.30293357X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.14660.33691990.29563401X-RAY DIFFRACTION100
3.1466-3.18790.33251500.29453374X-RAY DIFFRACTION100
3.1879-3.23160.30511550.293460X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.27780.31571300.27713407X-RAY DIFFRACTION100
3.2778-3.32670.35961560.27593421X-RAY DIFFRACTION100
3.3267-3.37870.27491830.26683392X-RAY DIFFRACTION100
3.3787-3.4340.29721870.25683399X-RAY DIFFRACTION100
3.434-3.49320.29721710.25653399X-RAY DIFFRACTION100
3.4932-3.55670.30571570.24813392X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-3.62510.30731850.2573418X-RAY DIFFRACTION100
3.6251-3.69910.29461940.25273388X-RAY DIFFRACTION100
3.6991-3.77950.27721390.23663415X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-3.86740.27841530.23783448X-RAY DIFFRACTION100
3.8674-3.96410.28181710.22413382X-RAY DIFFRACTION100
3.9641-4.07120.27862070.24223353X-RAY DIFFRACTION100
4.0712-4.19090.24391620.21443468X-RAY DIFFRACTION100
4.1909-4.32610.21861780.19753396X-RAY DIFFRACTION100
4.3261-4.48060.24521460.19353427X-RAY DIFFRACTION100
4.4806-4.65990.20611940.18263378X-RAY DIFFRACTION100
4.6599-4.87180.21291590.18153429X-RAY DIFFRACTION100
4.8718-5.12840.21421760.19233412X-RAY DIFFRACTION100
5.1284-5.44930.21922060.19113383X-RAY DIFFRACTION100
5.4493-5.86930.19331880.19463435X-RAY DIFFRACTION100
5.8693-6.45880.2511470.21963454X-RAY DIFFRACTION100
6.4588-7.39060.22732270.19113362X-RAY DIFFRACTION100
7.3906-9.30060.19841830.18373463X-RAY DIFFRACTION100
9.3006-48.53570.21411710.19873491X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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