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- PDB-5xra: Crystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM11542 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xra
タイトルCrystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM11542
要素Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Membrane protein / human G protein-coupled receptor / stabilizing agonists / lipidic cubic phase
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior ...cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / negative regulation of serotonin secretion / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / regulation of metabolic process / axonal fasciculation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / GABA-ergic synapse / maternal process involved in female pregnancy / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / response to nicotine / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / memory / positive regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton / FMN binding / glucose homeostasis / presynaptic membrane / growth cone / G alpha (i) signalling events / spermatogenesis / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8D3 / CHOLESTEROL / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Flavodoxin / Cannabinoid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hua, T. / Vemuri, K. / Nikas, P.S. / Laprairie, R.B. / Wu, Y. / Qu, L. / Pu, M. / Korde, A. / Shan, J. / Ho, J.H. ...Hua, T. / Vemuri, K. / Nikas, P.S. / Laprairie, R.B. / Wu, Y. / Qu, L. / Pu, M. / Korde, A. / Shan, J. / Ho, J.H. / Han, G.W. / Ding, K. / Li, X. / Liu, H. / Hanson, M.A. / Zhao, S. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of agonist-bound human cannabinoid receptor CB1
著者: Hua, T. / Vemuri, K. / Nikas, S.P. / Laprairie, R.B. / Wu, Y. / Qu, L. / Pu, M. / Korde, A. / Jiang, S. / Ho, J.H. / Han, G.W. / Ding, K. / Li, X. / Liu, H. / Hanson, M.A. / Zhao, S. / Bohn, ...著者: Hua, T. / Vemuri, K. / Nikas, S.P. / Laprairie, R.B. / Wu, Y. / Qu, L. / Pu, M. / Korde, A. / Jiang, S. / Ho, J.H. / Han, G.W. / Ding, K. / Li, X. / Liu, H. / Hanson, M.A. / Zhao, S. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年8月16日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _software.version
改定 1.42017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3049
ポリマ－48,6281
非ポリマー2,6778
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.050, 75.870, 138.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cannabinoid receptor 1,Flavodoxin,Cannabinoid receptor 1 / CB1 / CANN6


分子量: 48627.582 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414
変異: T210A, E273K, T283V,Y1098W,R340E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
遺伝子: CNR1, CNR, DVU_2680 / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21554, UniProt: P00323

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非ポリマー , 6種, 8分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-8D3 / (6aR,10aR)-3-(8-bromanyl-2-methyl-octan-2-yl)-6,6,9-trimethyl-6a,7,10,10a-tetrahydrobenzo[c]chromen-1-ol


分子量: 449.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C25H37BrO2
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 300-350 mM C4H4KNaO6, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→37.91 Å / Num. obs: 16685 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 10.41
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 90.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TGZ

5tgz


解像度: 2.8→37.91 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.49
詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES LOCATED AT THE END OF THE SIDE CHAIN OF SER152, WHICH MIGHT BE PHOSPHORYLATION BUT NOT CHEMICALLY CONFIRMED YET. THEY HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 805 4.83 %
Rwork0.2341 --
obs0.235 16669 93.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 150 0 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7324811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2712033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.97540.40271050.3922504X-RAY DIFFRACTION90
2.9754-3.20510.38561280.34112530X-RAY DIFFRACTION91
3.2051-3.52740.29531410.28342615X-RAY DIFFRACTION94
3.5274-4.03730.26391410.24832670X-RAY DIFFRACTION95
4.0373-5.08470.26131400.19982712X-RAY DIFFRACTION95
5.0847-37.91640.19731500.19732833X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33230.1288-0.24321.39210.49632.63350.04290.3638-0.2032-0.15740.0364-0.1851-0.0318-0.1245-0.08750.49550.0257-0.02310.3907-0.06340.4658-45.7418-153.3025304.144
26.7869-1.97510.3855.0614-1.64836.1613-0.0179-0.21640.30330.36320.0139-0.1697-0.3488-0.09990.0210.6676-0.01970.01250.51140.020.8596-43.2031-118.0939257.7939
32.04242.42531.04357.04381.17632.1106-0.14830.07020.03380.13350.14640.1466-0.10370.2170.0220.51290.04870.12020.698-0.05930.7613-36.6663-150.5189299.6294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 104 through 306 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1002 through 1148 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 337 through 414 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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