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- PDB-5xr1: Structure of FLN IG21 domain in complex with C-terminal peptide o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xr1
タイトルStructure of FLN IG21 domain in complex with C-terminal peptide of beta-2
要素C-terminal peptide of Integrin beta-2,Filamin-A IG21 domain
キーワードSIGNALING PROTEIN / Integrin / cytosolic tail
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / cellular extravasation / positive regulation of neutrophil degranulation / establishment of Sertoli cell barrier / integrin alphaM-beta2 complex / Myb complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity ...integrin alphaX-beta2 complex / regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / cellular extravasation / positive regulation of neutrophil degranulation / establishment of Sertoli cell barrier / integrin alphaM-beta2 complex / Myb complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / formation of radial glial scaffolds / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / actin crosslink formation / tubulin deacetylation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / blood coagulation, intrinsic pathway / protein localization to bicellular tight junction / OAS antiviral response / negative regulation of dopamine metabolic process / positive regulation of actin filament bundle assembly / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / neutrophil migration / positive regulation of neuron migration / leukocyte migration involved in inflammatory response / Cell-extracellular matrix interactions / early endosome to late endosome transport / Fc-gamma receptor I complex binding / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / apical dendrite / cell-cell junction organization / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of platelet activation / protein localization to cell surface / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / integrin complex / wound healing, spreading of cells / heterotypic cell-cell adhesion / podosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / megakaryocyte development / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / GP1b-IX-V activation signalling / receptor clustering / positive regulation of axon regeneration / cortical cytoskeleton / SMAD binding / endodermal cell differentiation / RHO GTPases activate PAKs / actin filament bundle / amyloid-beta clearance / brush border / semaphorin-plexin signaling pathway / tertiary granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / cilium assembly / blood vessel remodeling / positive regulation of protein targeting to membrane / mitotic spindle assembly / epithelial to mesenchymal transition / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / potassium channel regulator activity / axonal growth cone / heart morphogenesis / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / neutrophil chemotaxis / receptor-mediated endocytosis / protein sequestering activity / regulation of cell migration / dendritic shaft / positive regulation of superoxide anion generation / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / actin filament / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / trans-Golgi network / mRNA transcription by RNA polymerase II / microglial cell activation / G protein-coupled receptor binding / establishment of protein localization / synapse organization / negative regulation of protein catabolic process / cell-cell adhesion / cerebral cortex development / small GTPase binding
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt ...Integrin beta-2 subunit / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Calponin homology domain / Integrin domain superfamily / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Filamin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chatterjee, D. / Lu, L.Z. / Bhattacharjya, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of EducationARC18/13 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FLN IG21 domain in complex with C-terminal peptide of beta-2
著者: Chatterjee, D. / Lu, L.Z. / Bhattachrjya, S.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal peptide of Integrin beta-2,Filamin-A IG21 domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7571
ポリマ－13,7571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-terminal peptide of Integrin beta-2,Filamin-A IG21 domain / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 ...Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta / FLN-A / Actin-binding protein 280 / ABP-280 / Alpha-filamin / Endothelial actin-binding protein / Filamin-1 / Non-muscle filamin


分子量: 13757.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of C-terminal peptide of Integrin beta-2 (residues 752-763, P05107 (ITB2_HUMAN)), and Filamin-A IG21 domain (residues 2228-2321, P21333 (FLNA_HUMAN)).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2, CD18, MFI7, FLNA, FLN, FLN1
発現宿主: BAC cloning vector attB-P[acman]-ApR-F-2-5-attB (その他)
参照: UniProt: P05107, UniProt: P21333

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY
161isotropic13D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] FLN IG21 domain, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N, 13C_ / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 300 uM / 構成要素: FLN IG21 domain / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Uniformaly 13C, 15N labeled / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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