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- PDB-5xoy: Crystal structure of LysK from Thermus thermophilus in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xoy
タイトルCrystal structure of LysK from Thermus thermophilus in complex with Lysine
要素[LysW]-lysine hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


[amino group carrier protein]-lysine hydrolase / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
[LysW]-lysine/[LysW]-ornithine hydrolase / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / [LysW]-lysine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Tomita, T. / Fujita, S. / Hasebe, F. / Cho, S.-H. / Yoshida, A. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS24228001 日本
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of LysK, an enzyme catalyzing the last step of lysine biosynthesis in Thermus thermophilus, in complex with lysine: Insight into the mechanism for recognition of the ...タイトル: Crystal structure of LysK, an enzyme catalyzing the last step of lysine biosynthesis in Thermus thermophilus, in complex with lysine: Insight into the mechanism for recognition of the amino-group carrier protein, LysW
著者: Fujita, S. / Cho, S.-H. / Yoshida, A. / Hasebe, F. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年9月13日ID: 3X3E
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [LysW]-lysine hydrolase
B: [LysW]-lysine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3956
ポリマ－81,9592
非ポリマー4354
水2,990166
1
A: [LysW]-lysine hydrolase
B: [LysW]-lysine hydrolase
ヘテロ分子

A: [LysW]-lysine hydrolase
B: [LysW]-lysine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,79012
ポリマ－163,9194
非ポリマー8718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area51370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.778, 69.927, 118.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 [LysW]-lysine hydrolase


分子量: 40979.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: lysK, TT_C1396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL Codon-plus (DE3)
参照: UniProt: Q8VUS5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 1.5M Ammonium sulfate, 12 % Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 44181 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.39→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2180 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q7A

4q7a


解像度: 2.39→35.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.723 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 2224 5 %RANDOM
Rwork0.18845 ---
obs0.19047 41817 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.39→35.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5366 0 25 166 5557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9797540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856312380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6585691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58322.709251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.17415901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9211551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4874.7852767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4824.7842766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0467.1623451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0457.1643452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.355.4082790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3325.4062783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6847.8814076
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69838.3416130
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.69538.3366123
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.389→2.451 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 142 -
Rwork0.263 2848 -
obs--93.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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