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万見
- PDB-5xow: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xow
タイトルCrystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 6'A7' on the target strand
要素
  • DNA (5'-D(P*(TD)P*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
  • TtAgo (D546N)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Argonaute / Bulge / miRNA / mismatch
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Argonaute, PAZ domain / Argonaute PAZ domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Sheng, G. / Wang, J. / Zhao, H. / Wang, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of China31571335 中国
Natural Science Foundation of China31630015 中国
Natural Science Foundation of China91440201 中国
Chinese Ministry of Science and Technology2014CB910102 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes
著者: Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / struct
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TtAgo (D546N)
C: DNA (5'-D(P*(TD)P*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6124
ポリマ－89,5883
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.824, 200.824, 200.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 TtAgo (D546N) / Uncharacterized protein


分子量: 76727.750 Da / 分子数: 1 / 変異: D546N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_P0026 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(TD)P*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')


分子量: 6271.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.53 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Na-formate and 0.1 M Tris-HCl pH 7.2-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30962 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1504 / Χ2: 0.579 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPY

4kpy


解像度: 2.902→48.707 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1563 5.05 %
Rwork0.2143 --
obs0.2164 30962 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→48.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5241 798 1 0 6040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4768689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1612381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.902-2.99560.35881350.33962611X-RAY DIFFRACTION99
2.9956-3.10270.36311370.31432620X-RAY DIFFRACTION99
3.1027-3.22690.32511280.28222637X-RAY DIFFRACTION99
3.2269-3.37370.30851380.24982623X-RAY DIFFRACTION99
3.3737-3.55150.27331510.23162621X-RAY DIFFRACTION100
3.5515-3.7740.22811280.20572672X-RAY DIFFRACTION99
3.774-4.06520.25741460.19372660X-RAY DIFFRACTION100
4.0652-4.47410.25211340.17862675X-RAY DIFFRACTION100
4.4741-5.12090.22441470.1752707X-RAY DIFFRACTION100
5.1209-6.44940.25111620.20292707X-RAY DIFFRACTION99
6.4494-48.71380.2211570.22866X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63260.4828-0.33420.2711-0.27980.3330.1182-0.0635-0.0280.029-0.0580.0525-0.16220.04350.00430.46380.0826-0.24940.2239-0.03770.360251.6439-60.27684.8716
20.21760.0194-0.0390.26560.08070.3698-0.11650.1232-0.15660.0004-0.15370.0573-0.25360.0912-0.0210.41130.003-0.20940.30120.03710.371961.7806-72.3518-16.0851
30.3480.26950.16710.34650.05850.1987-0.02540.24390.149-0.15560.23910.1716-0.4862-0.02270.0060.9469-0.1128-0.18220.43080.06370.385855.3234-35.693-35.533
40.11590.08330.02850.34390.21340.2821-0.16040.11340.15590.04750.3849-0.0639-0.10020.24690.35061.2836-0.216-0.3335-0.1681-0.14040.284261.8821-34.3474-25.5582
50.1233-0.0361-0.14820.17410.04780.18810.0753-0.12310.09780.17640.20940.0996-0.3473-0.08260.1620.94150.0832-0.3598-0.0607-0.06540.530947.3147-34.908-9.1515
60.26090.07580.37870.3210.39650.8858-0.01630.233-0.0373-0.29870.07840.1262-0.34740.29360.03461.1909-0.0977-0.31570.2584-0.02420.348457.0202-35.1937-22.3167
70.08060.0576-0.02890.55780.49120.51540.2219-0.2088-0.23610.10620.2756-0.1348-0.33920.06540.25711.0909-0.0538-0.47630.34750.13780.30458.0872-52.3032-14.0604
80.0682-0.0333-0.00180.03180.01540.0830.10620.0205-0.0178-0.18450.02050.0483-0.0504-0.05550.0051.2173-0.459-0.26820.59780.23450.508367.8948-40.968618.164
90.0019-0.0024-0.00240.0010.00010.00240.06240.042-0.00430.04550.0195-0.03790.08660.0514-0.00071.0416-0.2188-0.35420.7110.09840.52657.7954-50.60161.6393
100.3467-0.1226-0.01060.06330.01090.3779-0.0057-0.06340.1041-0.06210.21690.1075-0.0530.0110.01940.91890.0033-0.34140.3004-0.00290.514956.2992-54.291-23.7454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 200 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 201 through 300 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 401 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 402 through 534 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 535 through 627 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 628 through 685 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 17 through 21 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 3 through 7 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 8 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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