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Yorodumi- PDB-5xow: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xow | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 6'A7' on the target strand | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Argonaute / Bulge / miRNA / mismatch | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.902 Å | |||||||||||||||
Authors | Sheng, G. / Wang, J. / Zhao, H. / Wang, Y. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes Authors: Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J. / Wang, Y. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xow.cif.gz | 322.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xow.ent.gz | 260.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xow.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xow_validation.pdf.gz | 465.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xow_full_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | |
Data in XML | 5xow_validation.xml.gz | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5xow_validation.cif.gz | 37.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xow | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xouC 5xp8C 5xpaC 5xpgC 5xq2C 4kpyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 76727.750 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D546N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: TT_P0026 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q746M7 |
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#2: DNA chain | Mass: 6588.266 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermus thermophilus (bacteria) |
#3: RNA chain | Mass: 6271.791 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermus thermophilus (bacteria) |
#4: Chemical | ChemComp-MG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 308 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.0 M Na-formate and 0.1 M Tris-HCl pH 7.2-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 30962 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 8.8 % / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1504 / Χ2: 0.579 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KPY Resolution: 2.902→48.707 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / Phase error: 24.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.902→48.707 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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