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- PDB-5xom: Hydra Fam20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xom
タイトルHydra Fam20
要素Glycosaminoglycan xylosylkinase
キーワードTRANSFERASE / sugar protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / kinase activity / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FAM20, C-terminal / FAM20 / Golgi casein kinase, C-terminal, Fam20
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosaminoglycan xylosylkinase
類似検索 - 構成要素
生物種Hydra vulgaris (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiao, J. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and evolution of the Fam20 kinases
著者: Zhang, H. / Zhu, Q. / Cui, J. / Wang, Y. / Chen, M.J. / Guo, X. / Tagliabracci, V.S. / Dixon, J.E. / Xiao, J.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosaminoglycan xylosylkinase
B: Glycosaminoglycan xylosylkinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5176
ポリマ－90,6322
非ポリマー8854
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.221, 123.222, 144.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosaminoglycan xylosylkinase


分子量: 45316.059 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hydra vulgaris (無脊椎動物) / 遺伝子: FAM20B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: T2MHS6
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, and 3% dextran sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 73294 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / Net I/σ(I): 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.2→30.806 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 2000 2.97 %
Rwork0.1802 --
obs0.1811 67333 91.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5686 0 56 545 6287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2337996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8673580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1968-2.25180.262980.22513222X-RAY DIFFRACTION64
2.2518-2.31260.25051090.2263550X-RAY DIFFRACTION71
2.3126-2.38060.27491190.21843885X-RAY DIFFRACTION77
2.3806-2.45750.24771280.21144190X-RAY DIFFRACTION83
2.4575-2.54520.24311380.2144516X-RAY DIFFRACTION90
2.5452-2.64710.24331500.22754882X-RAY DIFFRACTION96
2.6471-2.76750.2741550.22255049X-RAY DIFFRACTION99
2.7675-2.91330.25941540.2235057X-RAY DIFFRACTION100
2.9133-3.09570.21751560.20635081X-RAY DIFFRACTION100
3.0957-3.33440.19891560.19615127X-RAY DIFFRACTION100
3.3344-3.66950.21221560.175102X-RAY DIFFRACTION100
3.6695-4.19930.17521580.14145155X-RAY DIFFRACTION100
4.1993-5.28640.16541590.13345187X-RAY DIFFRACTION100
5.2864-30.80850.19491640.16535330X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.3735 Å / Origin y: -16.9242 Å / Origin z: 23.787 Å
111213212223313233
T0.2191 Å20.0078 Å2-0.0107 Å2-0.2251 Å2-0.0554 Å2--0.2302 Å2
L0.4401 °20.2639 °2-0.16 °2-0.6685 °2-0.6373 °2--0.9931 °2
S-0.0311 Å °0.124 Å °-0.0775 Å °-0.1827 Å °0.059 Å °-0.0329 Å °0.2084 Å °-0.1687 Å °-0.0155 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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