PDB-5xo5: Free Thanatin Y10A M21A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xo5

タイトル

Free Thanatin Y10A M21A

要素

Thanatin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / CYANA 2.1

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Thanatin

機能・相同性情報

生物種

Podisus maculiventris (昆虫)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Sinha, S. / Bhattacharjya, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Free Thanatin Y10AM21A
著者: Sinha, S. / Bhattacharjya, S.

履歴

登録	2017年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xo5.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xo5.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xo5_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xo5_full_validation.pdf.gz	571.8 KB	表示
XML形式データ	5xo5_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	5xo5_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dsj-d 4dac-1 6phi-d 2m8o-d 2me2-d 2ag3-d 3m48-d 2mg1-d 2lx0-d 3i1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36090Free Thanatin Y10A M21A

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thanatin

2.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Thanatin 分子量: 2289.770 Da / 分子数: 1 / 変異: Y10A, M21A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Podisus maculiventris (昆虫) / 参照: UniProt: P55788

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	Sample state: isotropic / タイプ: 2D NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 300 uM na Thanatin Y10AM21A, 90% H2O/10% D2O / Label: Thanatin Y10AM21A / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 300 uM / 構成要素: Thanatin Y10AM21A / Isotopic labeling: na
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin		Bruker Biospin	データ解析
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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