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万見
- PDB-5xo2: Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xo2
タイトルCrystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II
要素
  • Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
  • Peptide from Envelope glycoprotein B
キーワードIMMUNE SYSTEM / membrane protein / immune receptor / viral entry inhibitor / glycopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction ...MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Immunoglobulin V-set domain ...: / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B / Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. ...Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / Anada, M. / Ose, T. / Hashimoto, S. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and thermodynamic analyses reveal critical features of glycopeptide recognition by the human PILR alpha immune cell receptor.
著者: Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / ...著者: Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / Anada, M. / Ose, T. / Hashimoto, S. / Maenaka, K.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
B: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
X: Peptide from Envelope glycoprotein B
Y: Peptide from Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1486
ポリマ－29,1554
非ポリマー9932
水88349
1
A: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
X: Peptide from Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0743
ポリマ－14,5772
非ポリマー4961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
2
B: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
Y: Peptide from Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0743
ポリマ－14,5772
非ポリマー4961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.280, 63.329, 55.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha / Cell surface receptor FDF03 / Inhibitory receptor PILR-alpha


分子量: 13967.697 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PILRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKJ1
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 609.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P06437
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a21d2h-1a_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1,4-deoxy-GlcpNAc]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 13393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 668 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WV0

3wv0


解像度: 2.201→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 638 -
Rwork0.2163 --
obs0.2286 13390 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 66 49 2173
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.279 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3188 -
Rwork0.2352 -
obs-673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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