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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xo2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / membrane protein / immune receptor / viral entry inhibitor / glycopeptide | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / host cell endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction ...host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / host cell endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å | |||||||||
データ登録者 | Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. ...Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / Anada, M. / Ose, T. / Hashimoto, S. / Maenaka, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Structural and thermodynamic analyses reveal critical features of glycopeptide recognition by the human PILR alpha immune cell receptor. 著者: Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / ...著者: Furukawa, A. / Kakita, K. / Yamada, T. / Ishizuka, M. / Sakamoto, J. / Hatori, N. / Maeda, N. / Ohsaka, F. / Saitoh, T. / Nomura, T. / Kuroki, K. / Nambu, H. / Arase, H. / Matsunaga, S. / Anada, M. / Ose, T. / Hashimoto, S. / Maenaka, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xo2.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xo2.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xo2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xo2_validation.pdf.gz | 975.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xo2_full_validation.pdf.gz | 980.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xo2_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xo2_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13967.697 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PILRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKJ1 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 609.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P06437 #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 13393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 668 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WV0 解像度: 2.201→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.201→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.201→2.279 Å /
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