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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xnn | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Photosystem II / M-LHCII and CP24 complexes / PSII-LHCII / C2S2M2 supercomplex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / regulation of stomatal movement / plastoglobule / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / response to herbicide ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / regulation of stomatal movement / plastoglobule / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / response to light stimulus / protein domain specific binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Su, X.D. / Ma, J. / Wei, X.P. / Cao, P. / Zhu, D.J. / Chang, W.R. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex. 著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xnn.cif.gz | 253 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xnn.ent.gz | 208.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xnn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xnn_validation.pdf.gz | 4.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xnn_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xnn_validation.xml.gz | 65.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xnn_validation.cif.gz | 78.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Chlorophyll a-b binding ... , 2種, 3分子 123
#1: タンパク質 | 分子量: 24952.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-268 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P27490 #2: タンパク質 | | 分子量: 26545.240 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q04918 |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 4
#3: タンパク質 | 分子量: 22858.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ3*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 72分子
#4: 化合物 | ChemComp-CHL / #5: 化合物 | ChemComp-CLA / #6: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #7: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-LHG / #10: 化合物 | ChemComp-BCR / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Pisum sativum (エンドウ) |
緩衝液 | pH: 5.7 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2747: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136521 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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