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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnj
タイトルCrystal structure of Microcystis aeruginosa PCC 7806 aspartate/glutamate racemase in complex with L-glutamate
要素McyF
キーワードISOMERASE / aspartate/glutamate racemase / McyF / microcystin
機能・相同性amino-acid racemase activity / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / GLUTAMIC ACID / McyF
機能・相同性情報
生物種Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Cao, D.D. / Zhou, K. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function Analyses of a Cyanobacterial Aspartate/Glutamate Racemase Reveal Its Catalytic Mechanism and Substrate Specificity
著者: Cao, D.D. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: McyF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3612
ポリマ－29,2141
非ポリマー1471
水23413
1
A: McyF
ヘテロ分子

A: McyF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7214
ポリマ－58,4272
非ポリマー2942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.247, 129.247, 44.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 McyF / McyF protein


分子量: 29213.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C87S, C195S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
遺伝子: mcyF, IPF_371 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RNB4
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→111.93 Å / Num. obs: 10438 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.402 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.82-2.875.80.4620.9190.2050.5090.84599.8
2.87-2.9260.4730.930.2030.5170.88599.8
2.92-2.986.10.410.9540.1740.4470.90298.3
2.98-3.046.40.3030.9580.1270.330.96899.6
3.04-3.16.30.2710.9710.1140.2951.02499.8
3.1-3.186.20.2360.9760.10.2571.0397.8
3.18-3.266.30.1990.9830.0850.2171.01799.4
3.26-3.346.20.180.9850.0770.1961.18799.6
3.34-3.446.10.1540.9880.0660.1681.27798.3
3.44-3.556.50.1280.9920.0530.1391.32299.8
3.55-3.6860.1040.9930.0450.1141.684100
3.68-3.8360.0970.9960.0420.1061.54399.8
3.83-45.80.0820.9960.0360.091.91299.6
4-4.216.50.0730.9970.030.0791.91199.4
4.21-4.487.10.0620.9980.0240.0661.91299.8
4.48-4.828.10.0560.9980.020.061.962100
4.82-5.318.20.0540.9980.0190.0571.67199.8
5.31-6.078.40.0520.9980.0180.0551.41999.6
6.07-7.657.40.040.9990.0150.0431.27199.8
7.65-507.80.0360.9940.0140.0391.72299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WXX

5wxx


解像度: 2.82→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.201 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.258
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2102 525 5 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1879 9892 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.6 Å2 / Biso mean: 68.508 Å2 / Biso min: 43.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.39 Å2-
2---0.77 Å2-0 Å2
3---2.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 10 13 1809
Biso mean--82.56 59.76 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.9972472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88734176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8165226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51125.78976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5715343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.675155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02368
LS精密化 シェル解像度: 2.817→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 40 -
Rwork0.268 699 -
all-739 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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