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万見
- PDB-5xnd: Solution structure of the major fish allergen parvalbumin Sco j 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnd
タイトルSolution structure of the major fish allergen parvalbumin Sco j 1 derived from the Pacific mackerel
要素Parvalbumin beta
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Scomber japonicus (ゴマサバ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kumeta, H. / Nakayama, H. / Ogura, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Solution structure of the major fish allergen parvalbumin Sco j 1 derived from the Pacific mackerel
著者: Kumeta, H. / Nakayama, H. / Ogura, K.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parvalbumin beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0543
ポリマ－11,9741
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area5610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Parvalbumin beta


分子量: 11973.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scomber japonicus (ゴマサバ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59747
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HN(CO)CA
161isotropic23D HNCA
171isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HN(CA)CB
191isotropic23D C(CO)NH
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
1111isotropic23D HN(CA)HA
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 3D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1161isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1171isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
1181isotropic33D (H)CCH-TOCSY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Sco j 1, 7 % [U-2H] D2O, 20 mM MES, 150 mM sodium chloride, 10 mM CaCl2, 93% H2O/7% D2O
詳細: 0.5 mM protein 7% D2O 20 mM MES-NaOH 150 mM NaCl 10 mM CaCl2
Label: CN_lable / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSco j 1[U-13C; U-15N]1
7 %D2O[U-2H]1
20 mMMESnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMCaCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 180 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8001migi
Varian UNITYVarianUNITY6002libra
Varian UNITYVarianUNITY5003scorpio

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipe8.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TALOS+3.80F1Shen, Delaglio, Cornilescu, Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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