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万見
- PDB-5xmw: Selenomethionine-derivated ZHD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmw
タイトルSelenomethionine-derivated ZHD
要素Zearalenone lactonase
キーワードHYDROLASE / LACTONASE / ALPHA-BETA FOLD / ZEARALENONE DEGRADE
機能・相同性: / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / response to toxic substance / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Zearalenone lactonase / Zearalenone hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bionectria ochroleuca (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hu, X.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The structure of a complex of the lactonohydrolase zearalenone hydrolase with the hydrolysis product of zearalenone at 1.60 angstrom resolution
著者: Qi, Q. / Yang, W.J. / Zhou, H.J. / Ming, D.M. / Sun, K.L. / Xu, T.Y. / Hu, X.J. / Lv, H.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zearalenone lactonase
B: Zearalenone lactonase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6942
ポリマ－62,6942
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.924, 90.169, 113.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 1 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Zearalenone lactonase


分子量: 31347.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bionectria ochroleuca (菌類) / 遺伝子: ZHD101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9XBU7, UniProt: Q8NKB0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE STRAIN OF CLONOSTACHYS ROSEA IS DIFFERENT FROM UNP A0A0N9XBU7.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.2 M AMMONIUM DIBASIC PHOSPHATE, 200 MM KCL, 100 MM IMIDAZOLE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年9月7日
放射モノクロメーター: 0.99 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50.01 Å / Num. obs: 14839 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 73.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル解像度: 3→3.076 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Num. unique obs: 1072 / Rpim(I) all: 0.139 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000v1.0データ削減
HKL-2000v1.0データスケーリング
PHENIXv 1.9位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 15.38 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23585 805 5.1 %RANDOM
Rwork0.20767 ---
obs0.20913 14839 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.97 Å2-0 Å20 Å2
2--7.57 Å2-0 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4117 0 0 5 4122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.9565808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9238946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4085540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01424.138174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22615615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2151520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0377.4692160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0377.4672159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.51611.2282700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.51411.2312701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8567.8422085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8567.8422085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.57311.5763109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.15617507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.15517508
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17046 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 52 -
Rwork0.301 1072 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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