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- PDB-5xly: Crystal structure of CheR1 in complex with c-di-GMP-bound MapZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xly
タイトルCrystal structure of CheR1 in complex with c-di-GMP-bound MapZ
要素
  • Chemotaxis protein methyltransferase 1
  • Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608
キーワードTRANSFERASE / signaling / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate O-methyltransferase / protein-glutamate O-methyltransferase activity / cyclic-di-GMP binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Cyclic di-GMP binding protein, PA4608 type / : / Chemotaxis protein methyltransferase CheR / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain superfamily / MCP methyltransferase, CheR-type / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal / MCP methyltransferase, CheR-type, SAM-binding domain, C-terminal / CheR methyltransferase, SAM binding domain / CheR methyltransferase, all-alpha domain / CheR-type methyltransferase domain profile. ...Cyclic di-GMP binding protein, PA4608 type / : / Chemotaxis protein methyltransferase CheR / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain superfamily / MCP methyltransferase, CheR-type / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal / MCP methyltransferase, CheR-type, SAM-binding domain, C-terminal / CheR methyltransferase, SAM binding domain / CheR methyltransferase, all-alpha domain / CheR-type methyltransferase domain profile. / Methyltransferase, chemotaxis proteins / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Thrombin, subunit H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Chemotaxis protein methyltransferase 1 / Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Yuan, Z. / Zhu, Y. / Gu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the regulation of chemotaxis by MapZ in the presence of c-di-GMP
著者: Zhu, Y. / Yuan, Z. / Gu, L.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein methyltransferase 1
B: Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6634
ポリマ－47,2822
非ポリマー1,3812
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.440, 57.410, 104.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

21A-615-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein methyltransferase 1


分子量: 31617.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: cheR1, PA3348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O87131, protein-glutamate O-methyltransferase
#2: タンパク質 Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608 / c-di-GMP-binding protein PA4608 / Pilz domain-containing protein PA4608


分子量: 15664.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVI1
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% 2-propanol 0.1M Sodium citrate 5.0 10% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→68.36 Å / Num. obs: 44834 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 4.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2719精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.763→19.45 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2256 5.03 %
Rwork0.2081 --
obs0.2091 44834 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.763→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 92 510 3707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6674465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1582806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.763-1.80140.35241340.29922618X-RAY DIFFRACTION96
1.8014-1.84320.30931280.27032645X-RAY DIFFRACTION97
1.8432-1.88930.30661510.24822623X-RAY DIFFRACTION98
1.8893-1.94030.25921350.24852643X-RAY DIFFRACTION98
1.9403-1.99740.2781200.23992680X-RAY DIFFRACTION98
1.9974-2.06180.25021680.22672617X-RAY DIFFRACTION98
2.0618-2.13540.24971590.21872667X-RAY DIFFRACTION98
2.1354-2.22080.24771390.20982655X-RAY DIFFRACTION98
2.2208-2.32170.2131310.21012679X-RAY DIFFRACTION98
2.3217-2.44390.2581510.20112648X-RAY DIFFRACTION98
2.4439-2.59660.24651330.21392691X-RAY DIFFRACTION99
2.5966-2.79660.20791250.2122702X-RAY DIFFRACTION99
2.7966-3.0770.22591440.20392699X-RAY DIFFRACTION99
3.077-3.520.2161580.1872683X-RAY DIFFRACTION98
3.52-4.42620.17561520.17532683X-RAY DIFFRACTION98
4.4262-19.4510.21031280.19862645X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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