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- PDB-5xls: Crystal structure of UraA in occluded conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xls
タイトルCrystal structure of UraA in occluded conformation
要素Uracil permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Occluded conformation / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Xanthine/uracil permease / Xanthine/uracil permeases family signature. / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
12-TUNGSTOPHOSPHATE / URACIL / Uracil permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yu, X.Z. / Yang, G.H. / Yan, C.Y. / Yan, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2015CB910101, 2016YFA0500402, 2014ZX09507003-006 中国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Dimeric structure of the uracil:proton symporter UraA provides mechanistic insights into the SLC4/23/26 transporters
著者: Yu, X. / Yang, G. / Yan, C. / Baylon, J.L. / Jiang, J. / Fan, H. / Lu, G. / Hasegawa, K. / Okumura, H. / Wang, T. / Tajkhorshid, E. / Li, S. / Yan, N.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8134
ポリマ－45,9471
非ポリマー5,8663
水75742
1
A: Uracil permease
ヘテロ分子

A: Uracil permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6268
ポリマ－91,8932
非ポリマー11,7326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.721, 134.726, 143.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Uracil permease / Uracil transporter


分子量: 45946.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: uraA, Z3760, ECs3359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGM8
#2: 化合物 ChemComp-URA / URACIL


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#3: 化合物 ChemComp-KEG / 12-TUNGSTOPHOSPHATE


分子量: 2877.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O40PW12
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 400, 100mM MES-NaOH, pH 6.5, 100mM NaF, 50mM MgCl2, 3mM (NH4)2WS4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 49846 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QE7

3qe7


解像度: 2.5→32.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.88
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 2318 5.12 %
Rwork0.2257 --
obs0.2268 45247 93.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / Bsol: 42.511 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 112 42 3155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0323224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d5.8194641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.9811165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4955-2.54640.32241300.31972218X-RAY DIFFRACTION82
2.5464-2.60170.3261240.3042480X-RAY DIFFRACTION92
2.6017-2.66220.31121130.2792626X-RAY DIFFRACTION93
2.6622-2.72880.29261000.27122523X-RAY DIFFRACTION93
2.7288-2.80250.30561240.26432546X-RAY DIFFRACTION93
2.8025-2.88490.22551450.2322547X-RAY DIFFRACTION94
2.8849-2.9780.30781810.23552490X-RAY DIFFRACTION93
2.978-3.08430.27551400.22512564X-RAY DIFFRACTION94
3.0843-3.20770.23811430.22612540X-RAY DIFFRACTION94
3.2077-3.35360.25571310.22172561X-RAY DIFFRACTION94
3.3536-3.53020.27051600.22572555X-RAY DIFFRACTION94
3.5302-3.75110.23851430.22322551X-RAY DIFFRACTION95
3.7511-4.04020.21781190.21682604X-RAY DIFFRACTION95
4.0402-4.44590.20791360.19632564X-RAY DIFFRACTION95
4.4459-5.08720.21121590.20122530X-RAY DIFFRACTION93
5.0872-6.40150.24371480.24112533X-RAY DIFFRACTION94
6.4015-32.79260.24051220.20972497X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.2014 Å / Origin y: 15.5427 Å / Origin z: -12.0268 Å
111213212223313233
T0.266 Å2-0.0113 Å2-0.0449 Å2-0.3062 Å20.0284 Å2--0.2691 Å2
L1.3514 °20.3102 °20.1043 °2-2.4625 °2-0.3645 °2--1.809 °2
S-0.1286 Å °0.1587 Å °0.3056 Å °-0.2776 Å °0.1394 Å °0.1665 Å °-0.1521 Å °-0.0726 Å °-0.0229 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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