PDB-5xlk: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xlk

タイトル

Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D2-D3 domains from Serratia marcescens in Space group I422

要素

Flagellar hook-associated protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Song, W.S. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Tetrameric structure of the flagellar cap protein FliD from Serratia marcescens.
著者: Cho, S.Y. / Song, W.S. / Hong, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Ko, H.J. / Kim, P.H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xlk.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xlk.ent.gz	172.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xljSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xlj-1 3u2r-1 4ox0-1 6kty-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

C: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

66 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

C: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

C: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

C: Flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.362, 121.362, 249.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-301- ZN

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	79 - 103
2	1	1	3	B	79 - 103
3	1	1	3	C	79 - 103
1	2	1	3	A	226 - 299
2	2	1	3	B	226 - 299
3	2	1	3	C	226 - 299
1	1	2	3	A	104 - 199
2	1	2	3	B	104 - 199
3	1	2	3	C	104 - 199
1	2	2	3	A	203 - 225
2	2	2	3	B	203 - 225
3	2	2	3	C	203 - 225

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein 分子量: 21820.078 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 71-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: AR325_17470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0QFX8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.5 M sodium chloride, 0.1 M imidazole, pH 8.0, and 0.2 M zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 17805 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 3.05→3.1 Å / R_merge(I) obs: 0.476

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XLJ

5xlj

解像度: 3.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / SU B: 35.096 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.913 / ESU R Free: 0.441 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28654	841	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23841	-	-	-
obs	0.24069	16662	96.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.564 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3998	0	9	0	4007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.401	1.963	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	6168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.26	5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.194	27.152	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.767	15	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.061	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.358	1.5	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	1.5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.743	2	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.517	3	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.686	4.5	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	408	tight positional	0.02	0.05
1	1	B	408	tight positional	0.03	0.05
1	1	C	408	tight positional	0.03	0.05
2	2	A	665	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	665	tight positional	0.03	0.05
2	2	C	665	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	329	loose positional	0.03	5
1	1	B	329	loose positional	0.03	5
1	1	C	329	loose positional	0.03	5
2	2	A	650	loose positional	0.03	5
2	2	B	650	loose positional	0.03	5
2	2	C	650	loose positional	0.04	5
1	1	A	408	tight thermal	0.04	0.5
1	1	B	408	tight thermal	0.05	0.5
1	1	C	408	tight thermal	0.05	0.5
2	2	A	665	tight thermal	0.06	0.5
2	2	B	665	tight thermal	0.06	0.5
2	2	C	665	tight thermal	0.06	0.5
1	1	A	329	loose thermal	0.06	10
1	1	B	329	loose thermal	0.05	10
1	1	C	329	loose thermal	0.06	10
2	2	A	650	loose thermal	0.06	10
2	2	B	650	loose thermal	0.06	10
2	2	C	650	loose thermal	0.07	10

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.128 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	59	-
R_work	0.303	1223	-
obs	-	-	98.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8784	1.5577	-7.239	5.007	0.6834	11.6441	0.0634	-0.1363	-0.0311	0.5072	-0.4294	0.2666	0.8172	-0.9633	0.366	0.231	-0.1261	0.0108	0.2507	-0.0409	0.146	-48.208	-14.495	13.982
2	4.7452	-0.1798	-0.1974	3.1442	-0.8953	3.5717	0.0421	0.5079	0.134	-0.2099	-0.0818	-0.2406	-0.1384	0.1075	0.0396	0.0721	0.0335	0.02	0.0685	0.0384	0.0793	-24.763	-10.304	-10.897
3	15.7596	-1.2632	7.5367	5.4768	1.5228	7.8134	0.4111	1.1649	-0.8165	-0.2552	-0.4622	0.6174	0.0759	-0.0219	0.0511	0.1454	0.0378	-0.0003	0.2724	-0.1251	0.2023	-74.744	-14.389	12.609
4	4.8358	0.7461	-0.2645	2.9862	-0.6336	5.631	0.0415	-0.2191	0.2012	0.1965	-0.1807	-0.1685	-0.0877	0.5201	0.1392	0.0567	-0.0339	-0.0132	0.0671	0.008	0.0604	-49.824	-10.361	35.881
5	13.9253	-5.1805	1.0499	6.4594	1.5036	5.5688	0.3936	1.0574	-1.5728	0.0885	0.0077	0.1667	0.317	0.4981	-0.4014	0.1175	0.0666	-0.1228	0.2281	-0.1879	0.4804	-46.742	-48.181	48.046
6	2.9509	-0.3263	-0.7875	5.0204	-0.5302	3.235	-0.0734	-0.1432	-0.0724	0.1746	0.1022	0.3489	-0.2505	-0.1341	-0.0288	0.0934	0.0199	0.0725	0.0596	0.0198	0.0569	-71.43	-24.712	50.743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	79 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	226 - 269
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	79 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	226 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	104 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	79 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	226 - 269
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	104 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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