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- PDB-4ox0: Crystal structure of the keratin-like domain from the MADS transc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ox0
タイトルCrystal structure of the keratin-like domain from the MADS transcription factor Sepallata 3
要素Developmental protein SEPALLATA 3
キーワードTRANSCRIPTION / coiled-coil / oligomerization domain / keratin-like domain / amphipathic alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity ...specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, K-box / K-box region / K-box domain profile. / : / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS
類似検索 - ドメイン・相同性
Developmental protein SEPALLATA 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Zubieta, C. / Acajjaoui, C.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Oligomerization of the MADS Domain Transcription Factor SEPALLATA3 in Arabidopsis.
著者: Puranik, S. / Acajjaoui, S. / Conn, S. / Costa, L. / Conn, V. / Vial, A. / Marcellin, R. / Melzer, R. / Brown, E. / Hart, D. / Theien, G. / Silva, C.S. / Parcy, F. / Dumas, R. / Nanao, M. / Zubieta, C.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Developmental protein SEPALLATA 3
B: Developmental protein SEPALLATA 3
C: Developmental protein SEPALLATA 3
D: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0744
ポリマ－48,0744
非ポリマー00
水4,720262
1
A: Developmental protein SEPALLATA 3
D: Developmental protein SEPALLATA 3

A: Developmental protein SEPALLATA 3
D: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0744
ポリマ－48,0744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
2
B: Developmental protein SEPALLATA 3
C: Developmental protein SEPALLATA 3

B: Developmental protein SEPALLATA 3
C: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0744
ポリマ－48,0744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.071, 143.197, 48.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細gel filtration confirms tetramer formation in solution

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要素

#1: タンパク質
Developmental protein SEPALLATA 3 / Agamous-like MADS-box protein AGL9


分子量: 12018.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AGL9,At1g24260,F3I6.19,SEP3,sep3 / プラスミド: pESPRIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22456
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20-25% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→60 Å / Num. obs: 30447 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 60.56 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 13.99 / Num. measured all: 177661
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.49-2.556.10.8241.0011.813683226922521.09499.3
2.55-2.620.8850.8292.1713016214521270.90599.2
2.62-2.70.9280.6342.8712817216321450.69499.2
2.7-2.780.9550.4713.7512300202120100.51499.5
2.78-2.880.9760.3484.8712101201219980.3899.3
2.88-2.980.9860.2526.4111707194019340.27699.7
2.98-3.090.9880.2247.4611325188118730.24599.6
3.09-3.210.9910.1828.6310887181718110.19999.7
3.21-3.360.9950.12611.3610314171817090.13899.5
3.36-3.520.9970.09615.089565166216500.10699.3
3.52-3.710.9970.06919.769168161015900.07698.8
3.71-3.940.9980.05623.058331148214630.06198.7
3.94-4.210.9980.04725.458019141914080.05299.2
4.21-4.550.9990.04329.47410132913210.04799.4
4.55-4.980.9990.03831.486688122812220.04199.5
4.98-5.570.9990.0429.996087113711200.04498.5
5.57-6.430.9980.04429.2652589939860.04999.3
6.43-7.870.9980.03336.0445148668570.03799
7.87-11.140.9980.03138.4232266806520.03595.9
11.140.9980.02934.4512454133190.03477.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化解像度: 2.49→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8791 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE DATA WAS HIGHLY ANISOTROPIC WITH DIFFRACTION TO 2.49 ALONG A AND B AXIS AND 3.5 ALONG C AXIS. THIS ACCOUNTS FOR THE LOW COMPLETENESS IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELLS. THE UCLA MBI SERVER ...詳細: THE DATA WAS HIGHLY ANISOTROPIC WITH DIFFRACTION TO 2.49 ALONG A AND B AXIS AND 3.5 ALONG C AXIS. THIS ACCOUNTS FOR THE LOW COMPLETENESS IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELLS. THE UCLA MBI SERVER WAS USED TO DETERMINE THE BEST RESOLUTION LIMITS ALONG THE DIFFERENT AXIS (M. STRONG, M.R. SAWAYA, S. WANG, M. PHILLIPS, D. CASCIO, D. EISENBERG, PROC NATL ACAD SCI USA. 103, 8060-8-65, 2006)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2738 1217 5.13 %RANDOM
Rwork0.2301 ---
obs0.2323 23731 --
原子変位パラメータBiso max: 180.1 Å2 / Biso mean: 68.66 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3567 Å20 Å20 Å2
2---11.3007 Å20 Å2
3---20.6574 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.533 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 0 262 3227
Biso mean---51.66 -
残基数----362
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1209SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes411HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2992HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion383SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3540SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2992HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4003HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.74
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.6 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3458 44 4.71 %
Rwork0.2778 891 -
all0.2811 935 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9016-0.1252-0.12690.3204-0.0481.8858-0.05910.4122-0.34880.3280.0696-0.15110.33820.5837-0.0105-0.57680.0546-0.0759-0.398-0.1360.044219.0962137.97554.8141
21.3059-0.8060.52342.22750.47520.4382-0.2031-0.0380.3480.51350.09860.087-0.2546-0.14970.1045-0.38180.1033-0.0047-0.52720.02090.08540.8644162.15975.0357
32.2349-0.7238-0.69050.9518-1.58951.52850.2103-0.4508-0.35040.5008-0.3273-0.0811-0.1070.32710.117-0.4630.1066-0.1651-0.4826-0.0505-0.067415.1713139.97778.5231
41.9351-1.57381.00172.83570.58091.7478-0.34370.5876-0.1244-0.01180.45710.4418-0.4718-0.1905-0.1134-0.5216-0.0028-0.0064-0.5470.1206-0.1395-2.9862157.53251.0948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A9 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B9 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C14 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D19 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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