PDB-5xl8: The structure of hemagglutinin G228S mutant from a avian-origin H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xl8

タイトル

The structure of hemagglutinin G228S mutant from a avian-origin H4N6 influenza virus (A/duck/Czech/1956)

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / H4 hemagglutinin / influenza virus / receptor binding

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation by Influenza A Virus Hemagglutinin H4
著者: Song, H. / Qi, J. / Xiao, H. / Bi, Y. / Zhang, W. / Xu, Y. / Wang, F. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xl8.cif.gz	621.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xl8.ent.gz	514.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xl8_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xl8_full_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示
XML形式データ	5xl8_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	5xl8_validation.cif.gz	95.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xl1C 5xl2C 5xl3C 5xl4C 5xl5C 5xl6C 5xl7C 5xl9C 5xlaC 5xlbC 5xlcC 5xldC 1ha0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xl2-d 4n61-2 4ln4-5 3eyk-1 6id2-1 4qy1-2 6bkr-1 6ida-1 6v44-d 4ln3-5 4ln8-5 2yp7-1 4lkg-1 4n5k-1 4wea-1 1mqm-d 6idd-2 2wrf-2 4n5j-1 6tvr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

ヘテロ分子

170 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.203, 115.974, 132.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 56320.773 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 17-519 / 変異: G228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Czechoslovakia/1956 H4N6 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A3KF09, UniProt: P19696*PLUS

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 1,500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 128888 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.495 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HA0

1ha0

解像度: 2.001→43.161 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	6484	5.03 %
R_work	0.1864	-	-
obs	0.1878	128888	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→43.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11499	0	84	1162	12745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	16038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.679	4353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.001-2.0237	0.2839	195	0.2403	3838	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0237-2.0476	0.2701	211	0.2322	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0476-2.0725	0.2805	226	0.2258	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0725-2.0988	0.2505	202	0.2144	4126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0988-2.1264	0.2328	210	0.206	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1264-2.1555	0.2102	221	0.2015	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1555-2.1863	0.2218	229	0.2044	4061	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1863-2.2189	0.2422	206	0.2055	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2189-2.2536	0.2174	217	0.1938	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2536-2.2905	0.2296	208	0.2	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2905-2.33	0.2195	237	0.1938	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.3724	0.2314	227	0.1932	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3724-2.418	0.2211	220	0.1978	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.4674	0.2026	202	0.1919	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4674-2.521	0.2118	198	0.192	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.521-2.5797	0.2315	209	0.1871	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5797-2.6442	0.2167	220	0.1832	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6442-2.7157	0.2239	217	0.1983	4089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7157-2.7955	0.2461	221	0.191	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7955-2.8858	0.2306	217	0.1927	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8858-2.9889	0.2189	217	0.1893	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9889-3.1085	0.2181	231	0.1885	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1085-3.2499	0.2016	214	0.1916	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2499-3.4212	0.1979	218	0.1843	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4212-3.6355	0.2155	227	0.1778	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6355-3.916	0.1901	200	0.1711	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.916-4.3098	0.1961	235	0.1641	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3098-4.9326	0.1581	213	0.1501	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9326-6.2116	0.2322	219	0.1769	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2116-43.1711	0.2067	217	0.1953	4188	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 145.8598 Å / Origin y: 114.4143 Å / Origin z: 23.7814 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1334 Å²	-0.0103 Å²	0.003 Å²	-	0.1164 Å²	-0.0093 Å²	-	-	0.1176 Å²
L	0.2898 °²	0.0351 °²	0.0325 °²	-	0.2479 °²	-0.0164 °²	-	-	0.1431 °²
S	0.0168 Å °	-0.0648 Å °	0.0085 Å °	0.082 Å °	-0.0165 Å °	-0.0083 Å °	-0.0116 Å °	-0.0441 Å °	0.0005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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