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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xkq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Msmeg3575 in complex with ammeline | ||||||
要素 | CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CDA fold / deaminase / ammeline | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytosine deaminase activity / cytosine metabolic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gaded, V.M. / Anand, R. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017 タイトル: Selective Deamination of Mutagens by a Mycobacterial Enzyme 著者: Gaded, V. / Anand, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xkq.cif.gz | 129.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xkq.ent.gz | 100.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xkq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xkq_validation.pdf.gz | 484.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xkq_full_validation.pdf.gz | 485.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xkq_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xkq_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xkq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 159 / Label seq-ID: 2 - 159
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 17263.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3575, MSMEI_3493 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0QY90 |
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-非ポリマー , 5種, 45分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-6AM / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % / 解説: Flat plate like crystals |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M TRis HCl pH 6.4 and 20% PEG 8000 PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→109.41 Å / Num. obs: 19362 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.75 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XKO 解像度: 2.7→109.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 13.221 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→109.41 Å
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拘束条件 |
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