PDB-5xk2: Crystal structure of mono- and diacylglycerol lipase from Aspergi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xk2

タイトル

Crystal structure of mono- and diacylglycerol lipase from Aspergillus oryzae

要素

Diacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / closed conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.695 Å

データ登録者

Wang, Y.H. / Lan, D.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mono- and diacylglycerol lipase from Aspergillus oryzae
著者: Wang, Y.H. / Lan, D.M.

履歴

登録	2017年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xk2.cif.gz	218.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xk2.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xk2_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xk2_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	5xk2_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	5xk2_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zej-d 2qy6-1 3gk0-5 2bkx-d 1ixp-2 1m5w-4 3gk0-4 3wio-d 3f4n-2 4idz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diacylglycerol lipase

B: Diacylglycerol lipase

62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diacylglycerol lipase

B: Diacylglycerol lipase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.329, 67.277, 89.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Diacylglycerol lipase / Mono-/di-acylglycerol lipase / N-terminal 分子量: 31387.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: mdlB, OAory_01019780 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P78583
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 45% polypropylene glycol P 400, VAPOR DIFFUSION SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日

放射

モノクロメーター: MD2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.695→33.973 Å / Num. obs: 61241 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.496 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.987 / Net I/σ(I): 24.16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.8	5.128	0.117	9.35	9058	0.989	0.13	90.9
1.8-1.92	6.91	0.095	14.72	9425	0.995	0.103	100
1.92-2.08	6.614	0.073	19.5	8780	0.996	0.08	99.9
2.08-2.27	6.912	0.062	24.75	8065	0.997	0.067	100
2.27-2.54	6.565	0.055	28.19	7277	0.997	0.06	99.9
2.54-2.93	6.874	0.051	32.77	6479	0.998	0.055	100
2.93-3.59	6.596	0.046	36.74	5474	0.998	0.05	99.7
3.59-5.06	6.586	0.043	39.75	4262	0.998	0.047	99.8
5.06-33.973	6.581	0.041	40.23	2421	0.998	0.045	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	phenix.refine: 1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.695→33.973 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 16.11

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1683	2996	4.89 %	0
R_work	0.1408	-	-	-
obs	0.1422	61231	98.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.35 Å² / B_iso mean: 21.5015 Å² / B_iso min: 5.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.695→33.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4182	0	0	544	4726
B_iso mean	-	-	-	32.95	-
残基数	-	-	-	-	540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	5875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.374	1488

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6953-1.723	0.2115	105	0.1537	2167	2272	77
1.723-1.7528	0.1773	122	0.1505	2656	2778	94
1.7528-1.7846	0.2176	116	0.1494	2737	2853	98
1.7846-1.8189	0.1803	134	0.1415	2847	2981	100
1.8189-1.8561	0.1804	162	0.1485	2750	2912	100
1.8561-1.8964	0.1849	146	0.1485	2826	2972	100
1.8964-1.9405	0.1531	147	0.1427	2768	2915	100
1.9405-1.9891	0.1779	170	0.1389	2801	2971	100
1.9891-2.0428	0.182	145	0.1436	2804	2949	100
2.0428-2.1029	0.1825	151	0.143	2809	2960	100
2.1029-2.1708	0.1737	155	0.1417	2776	2931	100
2.1708-2.2484	0.1609	146	0.1366	2815	2961	100
2.2484-2.3384	0.1787	137	0.1383	2814	2951	100
2.3384-2.4448	0.1766	161	0.1463	2785	2946	100
2.4448-2.5736	0.196	127	0.1459	2845	2972	100
2.5736-2.7348	0.1834	130	0.1457	2818	2948	100
2.7348-2.9459	0.1675	148	0.1509	2846	2994	100
2.9459-3.2421	0.1794	140	0.1454	2792	2932	100
3.2421-3.7107	0.1455	158	0.137	2833	2991	100
3.7107-4.6732	0.147	136	0.1204	2851	2987	100
4.6732-33.9799	0.1488	160	0.1429	2895	3055	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.8899 Å / Origin y: 22.2701 Å / Origin z: 103.6045 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0567 Å²	-0.01 Å²	0.0007 Å²	-	0.0624 Å²	-0.0206 Å²	-	-	0.0582 Å²
L	0.0956 °²	-0.038 °²	0.0033 °²	-	0.2687 °²	-0.1307 °²	-	-	0.0831 °²
S	0.0147 Å °	-0.0155 Å °	0.0493 Å °	0.0444 Å °	-0.0042 Å °	0.0102 Å °	-0.0214 Å °	0.0154 Å °	0.0046 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	10 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	11 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 544

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)