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- PDB-5xj0: T. thermophilus RNA polymerase holoenzyme bound with gp39 and gp76 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xj0
タイトルT. thermophilus RNA polymerase holoenzyme bound with gp39 and gp76
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • gp39
  • gp76
キーワードTRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Transcription regulation by bacteriophage-encoded proteins / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1250 / Thermus phage P23-45 gp39, N-terminal domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 ...SH3 type barrels. - #1250 / Thermus phage P23-45 gp39, N-terminal domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / SH3 type barrels. / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus virus P23-45 (ウイルス)
Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.004 Å
データ登録者Ooi, W.Y. / Murayama, Y. / Mekler, V. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Yokoyama, S. / Sekine, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPSJP23370048 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A Thermus phage protein inhibits host RNA polymerase by preventing template DNA strand loading during open promoter complex formation
著者: Ooi, W.Y. / Murayama, Y. / Mekler, V. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Yokoyama, S. / Sekine, S.I.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: gp39
H: gp39
Y: gp76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,88910
ポリマ－465,8249
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47110 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area161080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)294.427, 294.427, 222.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 3種, 4分子 FGHY

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 48598.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKW1
#6: タンパク質 gp39


分子量: 16515.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus virus P23-45 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XX65
#7: タンパク質 gp76


分子量: 6114.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus virus P23-45 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XXA7

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非ポリマー , 1種, 1分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50% tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 93258 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 121.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 890829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
4-4.148.40.6530.6550.863100
4.14-4.318.30.7590.490.878100
4.31-4.58.20.8320.3360.89299.20.9220.984
4.5-4.749.30.9050.2670.998.90.7810.826
4.74-5.0410.30.9430.2290.8931000.7070.743
5.04-5.4310.40.9470.1980.9011000.6140.646
5.43-5.979.80.9570.1540.89999.30.4610.487
5.97-6.8410.50.980.1010.89799.50.3130.329
6.84-8.610.20.9970.040.8891000.1230.13
8.6-50100.9990.0170.73298.80.0510.054

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALEPACKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WOD

3wod


解像度: 4.004→49.777 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 4643 5.01 %
Rwork0.2368 87981 -
obs0.2386 92624 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 405.52 Å2 / Biso mean: 160.5078 Å2 / Biso min: 31.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.004→49.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29176 0 1 0 29177
Biso mean--225.96 --
残基数----3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00829715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34340214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8811435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.0037-4.04920.33511390.3212843298296
4.0492-4.09680.35271540.32682914306899
4.0968-4.14680.36541550.31812939309499
4.1468-4.19920.34221590.31192881304099
4.1992-4.25440.33081520.29872910306299
4.2544-4.31270.31031660.29742929309599
4.3127-4.37430.2831450.28242904304999
4.3743-4.43950.2941440.27942902304699
4.4395-4.50890.31430.27072822296596
4.5089-4.58270.30541280.2722773290194
4.5827-4.66170.28021520.262929693121100
4.6617-4.74640.30791760.248329023078100
4.7464-4.83760.33831610.24232957311899
4.8376-4.93630.29471560.246729223078100
4.9363-5.04350.28651500.247129463096100
5.0435-5.16070.27611600.24242944310499
5.1607-5.28960.30061690.24729183087100
5.2896-5.43250.28241480.24129613109100
5.4325-5.59210.31811470.234829423089100
5.5921-5.77240.2771780.229629293107100
5.7724-5.97840.28251370.22992890302798
5.9784-6.21730.26181500.22732914306498
6.2173-6.49970.2851570.227329753132100
6.4997-6.84150.26191490.215729943143100
6.8415-7.2690.24921690.203229273096100
7.269-7.82820.25141610.204730063167100
7.8282-8.61230.20361470.182130173164100
8.6123-9.85020.17311450.17522939308498
9.8502-12.37860.19071790.173630253204100
12.3786-49.78040.31361670.27063087325499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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