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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xi8 | |||||||||
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タイトル | Structure and function of the TPR domain | |||||||||
要素 | Beta-barrel assembly-enhancing protease | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / membrane protein (膜タンパク質) / TPR domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein disulfide isomerase activity / chaperone-mediated protein folding / proteolysis involved in protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017 タイトル: The TPR domain of BepA is required for productive interaction with substrate proteins and the beta-barrel assembly machinery complex. 著者: Daimon, Y. / Iwama-Masui, C. / Tanaka, Y. / Shiota, T. / Suzuki, T. / Miyazaki, R. / Sakurada, H. / Lithgow, T. / Dohmae, N. / Mori, H. / Tsukazaki, T. / Narita, S.I. / Akiyama, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xi8.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xi8.ent.gz | 65.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xi8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19463.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 310-482 / 変異: L450(MSE) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bepA, yfgC, b2494, JW2479 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX 参照: UniProt: P66948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS Mosaicity: 0.579 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 32% PEG 4000, ammonium acetate, KH2PO4, 2% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9787, 0.9794, 0.9900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 36176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / Biso Wilson estimate: 18.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.272 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 716414 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.121 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.5 Å2 / Biso mean: 22.6603 Å2 / Biso min: 4.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→37.121 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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