PDB-5xi8: Structure and function of the TPR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xi8

タイトル

Structure and function of the TPR domain

要素

Beta-barrel assembly-enhancing protease

キーワード

HYDROLASE / membrane protein / TPR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein disulfide isomerase activity / chaperone-mediated protein folding / proteolysis involved in protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / zinc ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Tsukazaki, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: The TPR domain of BepA is required for productive interaction with substrate proteins and the beta-barrel assembly machinery complex.
著者: Daimon, Y. / Iwama-Masui, C. / Tanaka, Y. / Shiota, T. / Suzuki, T. / Miyazaki, R. / Sakurada, H. / Lithgow, T. / Dohmae, N. / Mori, H. / Tsukazaki, T. / Narita, S.I. / Akiyama, Y.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xi8.cif.gz	85.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xi8.ent.gz	64.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xi8_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xi8_full_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示
XML形式データ	5xi8_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5xi8_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hop-3 4kd5-4 4hop-1 4hop-2 4cw9-d 5zgm-d 4pob-d 3us4-2 3n4z-d 4ccg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-barrel assembly-enhancing protease

19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.963, 103.963, 81.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- HOH
2	1	A-550- HOH
3	1	A-603- HOH
4	1	A-641- HOH
5	1	A-648- HOH
6	1	A-659- HOH
7	1	A-663- HOH
8	1	A-670- HOH

#1: タンパク質	Beta-barrel assembly-enhancing protease 分子量: 19463.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 310-482 / 変異: L450(MSE) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bepA, yfgC, b2494, JW2479 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX 参照: UniProt: P66948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.51 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS Mosaicity: 0.579 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 32% PEG 4000, ammonium acetate, KH2PO4, 2% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9787, 0.9794, 0.9900

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9787	1
2	0.9794	1
3	0.99	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 36176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.272 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.277 / Χ²: 1.33 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 716414

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	20.7	1.001	942	0.816	0.219	1.025	0.384	100
1.73-1.76	29	0.993	919	0.895	0.188	1.01	13.912	100
1.76-1.79	34.5	0.896	933	0.922	0.156	0.91	0.418	100
1.79-1.83	38.7	0.894	935	0.95	0.142	0.905	0.612	100
1.83-1.87	40.7	0.617	912	0.981	0.097	0.625	0.404	100
1.87-1.91	41.3	0.564	937	0.981	0.089	0.571	0.439	100
1.91-1.96	41.6	0.469	931	0.984	0.073	0.475	0.47	100
1.96-2.02	41.9	0.363	935	0.99	0.057	0.368	0.413	100
2.02-2.07	41.4	0.337	937	0.993	0.053	0.341	0.472	100
2.07-2.14	41.3	0.27	932	0.995	0.042	0.274	0.522	100
2.14-2.22	41.1	0.207	931	0.996	0.033	0.209	0.511	100
2.22-2.31	40.1	0.187	935	0.995	0.03	0.189	0.628	100
2.31-2.41	39.6	0.15	940	0.998	0.024	0.151	0.613	100
2.41-2.54	37.9	0.138	963	0.997	0.023	0.14	0.699	100
2.54-2.7	34.4	0.801	922	0.998	0.145	0.815	1.098	100
2.7-2.91	38.5	0.103	944	0.998	0.017	0.105	0.833	100
2.91-3.2	36.8	0.083	937	0.999	0.014	0.084	0.966	100
3.2-3.66	41	0.07	969	0.999	0.011	0.071	1.233	100
3.66-4.61	42.3	0.061	945	0.999	0.01	0.062	1.563	100
4.61-50	38.8	0.066	1007	0.998	0.011	0.067	3.473	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11_2567	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SHELXD		位相決定
HKL-2000		データ収集
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.121 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	3629	10.03 %
R_work	0.1632	32547	-
obs	0.1663	36176	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.5 Å² / B_iso mean: 22.6603 Å² / B_iso min: 4.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→37.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1362	0	0	177	1539
B_iso mean	-	-	-	31.37	-
残基数	-	-	-	-	175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979	1886
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.902	1188

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.7224	0.3061	141	0.3011	1251	1392
1.7224-1.746	0.2738	137	0.2458	1264	1401
1.746-1.7709	0.2855	145	0.2456	1265	1410
1.7709-1.7974	0.2844	137	0.2098	1232	1369
1.7974-1.8254	0.2503	137	0.1975	1248	1385
1.8254-1.8554	0.2335	140	0.1895	1247	1387
1.8554-1.8874	0.2359	143	0.1897	1287	1430
1.8874-1.9217	0.2391	139	0.201	1232	1371
1.9217-1.9586	0.1908	134	0.1713	1225	1359
1.9586-1.9986	0.189	144	0.1659	1276	1420
1.9986-2.0421	0.1912	135	0.165	1227	1362
2.0421-2.0896	0.1896	142	0.1635	1259	1401
2.0896-2.1418	0.1516	138	0.1472	1261	1399
2.1418-2.1997	0.1704	142	0.1335	1266	1408
2.1997-2.2644	0.1852	138	0.1509	1239	1377
2.2644-2.3375	0.174	137	0.1355	1252	1389
2.3375-2.421	0.1973	138	0.1529	1247	1385
2.421-2.518	0.1767	141	0.1677	1260	1401
2.518-2.6325	0.2174	139	0.1661	1262	1401
2.6325-2.7713	0.2067	141	0.1529	1214	1355
2.7713-2.9448	0.2284	136	0.1643	1270	1406
2.9448-3.1721	0.2346	140	0.1653	1253	1393
3.1721-3.4911	0.1767	141	0.1472	1262	1403
3.4911-3.9958	0.1723	139	0.1435	1245	1384
3.9958-5.0323	0.1644	140	0.149	1249	1389
5.0323-37.13	0.1533	145	0.1735	1254	1399

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0202	0.0004	0.0044	0.0121	-0.0147	0.0198	-0.1822	-0.226	0.2203	0.01	-0.0816	-0.0786	0.1225	-0.2377	-0	0.0992	-0.0413	0.034	0.1661	0.0377	0.0292	-14.1838	-17.3019	-7.8344
2	0.0134	0.0041	-0.0238	0.0024	0.0039	-0.0004	0.0092	0.0802	0.0749	-0.0659	-0.1207	0.0048	0.0212	-0.0415	0	0.1246	0.0133	0.0022	0.1057	0.0143	0.091	-5.1674	-22.8127	-12.9983
3	0.0036	0.0014	0.0014	0.0017	0.0024	0.0038	-0.0353	0.0099	0.0313	0.0223	-0.0219	0.0052	-0.0275	0.0154	-0	0.1692	-0.0279	-0.083	-0.0616	0.0834	0.4184	7.5352	-22.0124	-9.2667
4	0.0198	0.0237	0.0111	0.0443	-0.0436	0.0269	-0.0142	0.023	-0.0083	0.0252	-0.026	-0.0515	-0.021	-0.0126	0	0.1004	0.005	-0.0028	0.0545	0.0089	0.0738	1.5832	-36.6959	-8.0354
5	-0.0057	0.0021	-0.002	0.0037	0.0133	0.0138	0.0155	-0.0335	-0.0494	-0.0243	-0.0458	0.0015	-0.0931	0.0354	-0	0.0551	-0.0011	-0.0092	0.0395	0.0066	0.0541	2.814	-51.5843	-0.0645
6	0.0138	-0.0189	-0.006	0.0245	0.0011	0.0027	-0.0708	-0.1216	-0.0172	-0.1118	0.1765	-0.0808	-0.134	-0.0246	-0	0.0383	-0.0048	-0.0361	0.0797	-0.0012	0.1011	8.4144	-50.103	8.369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 308 through 338 )	A	308 - 338
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 339 through 368 )	A	339 - 368
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 369 through 375 )	A	369 - 375
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 376 through 425 )	A	376 - 425
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 426 through 461 )	A	426 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 462 through 482 )	A	462 - 482

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