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- PDB-5xgp: structure of Sizzled from Xenopus laevis at 2.08 angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgp
タイトルstructure of Sizzled from Xenopus laevis at 2.08 angstroms resolution
要素Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
キーワードUNKNOWN FUNCTION / secreted protein
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sizzled, cysteine-rich domain / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Netrin domain / NTR domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.077 Å
データ登録者Liu, H. / Li, Z. / Xu, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81322047 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of full-length Sizzled from Xenopus laevis yields insights into Wnt-antagonistic function of secreted Frizzled-related proteins
著者: Bu, Q. / Li, Z. / Zhang, J. / Xu, F. / Liu, J. / Liu, H.
履歴
登録2017年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type
改定 1.32019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,26912
ポリマ－29,7571
非ポリマー51111
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Indeed, as shown in size-exclusion chromatography, the elution volume of Sizzled on a Supedex 200 column was 16.2 ml, a volume corresponding to an eluted protein with an ...根拠: gel filtration, Indeed, as shown in size-exclusion chromatography, the elution volume of Sizzled on a Supedex 200 column was 16.2 ml, a volume corresponding to an eluted protein with an apparent molecular weight of ~35 kD. As seen in the same figure, Sizzled migrated as a band on a SDS-PAGE gel, equivalent to a MW of ~ 33 kD. These results show that Sizzled exists as a monomer in the solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.131, 70.131, 132.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled


分子量: 29757.486 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-281 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: szl / 細胞株 (発現宿主): 293 GnTI
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O73821
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG8K, 0.1 M imidazole (pH 8.0) and 0.2 M lithium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 20594 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.032 / Χ2: 1.591 / Net I/av σ(I): 30.1 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1014 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.423 / Χ2: 1.325 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.077→19.855 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 989 4.81 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2143 20553 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.077→19.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 19 107 2094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4572783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1351262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0768-2.18620.31941630.2772690X-RAY DIFFRACTION99
2.1862-2.3230.36941340.28232754X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.5020.28451350.24572778X-RAY DIFFRACTION100
2.502-2.75320.27021130.26172778X-RAY DIFFRACTION100
2.7532-3.15030.28781410.24182785X-RAY DIFFRACTION99
3.1503-3.96380.20741340.20412828X-RAY DIFFRACTION99
3.9638-19.85550.1921690.18192951X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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