PDB-5xff: Crystal structure of LY2874455 in complex of FGFR4 gatekeeper mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xff

タイトル

Crystal structure of LY2874455 in complex of FGFR4 gatekeeper mutation (V550L)

要素

Fibroblast growth factor receptor 4

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / kinase / gatekeeper / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / transport vesicle / FRS-mediated FGFR4 signaling / placental growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / stem cell factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin receptor activity / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / glucose homeostasis / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wu, D. / Chen, Y.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: LY2874455 potently inhibits FGFR gatekeeper mutants and overcomes mutation-based resistance.
著者: Wu, D. / Guo, M. / Min, X. / Dai, S. / Li, M. / Tan, S. / Li, G. / Chen, X. / Ma, Y. / Li, J. / Jiang, L. / Qu, L. / Zhou, Z. / Chen, Z. / Chen, L. / Xu, G. / Chen, Y.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xff.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xff.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xff_validation.pdf.gz	736.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xff_full_validation.pdf.gz	745.6 KB	表示
XML形式データ	5xff_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	5xff_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/5xff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/5xff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xfjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nvi-d 1zrz-d 4zsa-2 3u6i-d 2g15-d 2qoq-d 6nvh-d 4rwl-2 4tyi-d 3ky2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Fibroblast growth factor receptor 4

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.291, 62.291, 184.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4 分子量: 34705.102 Da / 分子数: 1 / 変異: V550L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-6LF / 2-[4-[E-2-[5-[(1R)-1-[3,5-bis(chloranyl)pyridin-4-yl]ethoxy]-1H-indazol-3-yl]ethenyl]pyrazol-1-yl]ethanol / LY2874455 分子量: 444.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉Cl₂N₅O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.65 M NH4H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.75 Å / Num. obs: 10635 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.6 % / Net I/σ(I): 29.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.7→39.75 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3197	1053	9.98 %
R_work	0.2652	-	-
obs	0.2704	10547	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	30	5	2158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	2998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.015	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7005-2.8234	0.3947	128	0.3214	1150	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8234-2.9722	0.337	128	0.3153	1161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9722-3.1583	0.342	129	0.3017	1171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1583-3.402	0.369	130	0.2984	1174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.402-3.7442	0.3471	125	0.3147	1130	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7442-4.2854	0.2802	130	0.2502	1169	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2854-5.397	0.3025	136	0.2369	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
5.397-39.7557	0.3183	147	0.2511	1316	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1964	-0.69	-2.8551	1.0392	2.1798	5.6757	1.0315	0.1441	0.2537	3.7528	0.0074	0.2922	-0.0882	-1.7242	0.5241	2.4231	-0.308	0.7431	1.0175	0.1826	0.5709	59.6061	35.3701	575.7559
2	4.4757	1.3994	-1.0965	5.0129	0.2318	3.9146	0.9297	0.1023	1.8773	0.2295	-0.5147	1.3913	-1.4397	-1.0911	-0.4251	1.3234	0.0212	0.0938	0.8753	0.0345	1.0884	66.2245	49.4526	568.8871
3	4.0874	1.1545	-2.8185	6.4751	-1.1502	6.6072	1.2958	-0.9884	-0.3596	3.3767	-1.6306	-0.7932	-2.487	1.9339	-0.1086	1.7699	-0.3862	0.1815	0.7179	-0.0423	1.0343	71.0703	44.481	573.6513
4	1.8787	1.5521	1.9182	1.3388	1.4544	2.9842	-0.6234	-0.555	-2.1076	-0.719	0.3275	0.1787	1.5925	-0.4735	-0.755	1.3137	-0.2047	-0.0619	2.6263	-0.3554	2.4326	50.6658	47.7642	560.1221
5	5.0381	-0.8583	-0.8742	4.1381	1.3608	7.0754	-0.273	1.238	-0.7873	-0.1603	0.7631	2.2949	1.0288	-0.4818	-0.3408	0.8416	-0.2851	0.1626	0.8765	0.0587	1.3956	59.3849	35.3525	563.7618
6	5.7519	0.6189	0.1989	3.0685	1.8303	6.631	-0.1984	-0.996	-0.8681	1.4939	-0.2216	0.7235	0.0512	0.1044	0.008	1.131	-0.1175	0.1049	0.3737	0.0782	0.5191	66.5164	38.258	568.9003
7	9.054	1.1631	-1.4012	4.252	-1.6982	4.8596	0.7853	0.3171	1.9532	0.6161	-0.2431	-0.1725	-0.5462	-0.0853	-0.1607	1.1081	-0.2624	0.1533	0.7525	0.1408	1.1225	82.2652	48.0142	552.4819
8	4.4958	1.1793	-1.5605	2.9638	0.1701	4.868	-0.5033	0.6931	-0.0083	0.0451	0.3928	-0.8761	0.1162	0.5333	0.2134	0.5827	0.0244	-0.0794	0.6126	0.0849	0.7566	81.076	32.8603	552.1084
9	0.7691	1.7106	-0.7025	3.5676	-0.8189	0.6927	-0.2099	0.7522	0.6638	-1.7889	1.3916	4.094	0.029	-1.5958	0.4495	1.2511	-0.1645	0.0776	1.5404	-0.13	1.5615	65.9516	32.2453	551.8189
10	3.8749	-3.7257	-3.7218	6.8993	0.8333	4.8435	0.1236	-0.5714	0.7171	0.0076	0.0705	0.4833	-0.1177	-0.9782	-0.1873	0.7802	-0.2412	0.0342	0.8257	0.1596	0.8225	75.0682	39.4356	557.0709
11	4.997	2.7039	2.1663	3.9482	2.1493	4.055	-0.9214	-0.121	1.1066	-0.6088	0.1273	1.674	0.1864	0.9397	0.3638	0.9792	0.4549	0.022	1.507	0.4474	0.9053	65.4577	39.705	539.4409
12	7.3442	-0.3898	-0.5054	7.1394	-1.0506	4.2121	0.9148	0.5307	-0.8248	-0.1041	-0.1714	0.3506	-0.0486	-1.0811	-0.6557	0.7637	0.0544	-0.0254	0.9969	0.1405	0.6818	70.3573	34.7789	541.835
13	5.9839	0.1177	-6.7183	5.2743	1.4711	2.0428	0.8361	2.9526	3.0095	1.5165	-0.2203	2.4763	-3.4466	-2.6769	-1.2177	1.4843	0.2817	0.0436	0.9247	1.0775	1.458	73.6793	47.1593	535.8023
14	5.8395	-1.7226	1.6777	4.6578	0.4562	3.9595	0.5186	1.1452	-0.0899	-0.2374	-0.4702	-0.5205	-0.5779	0.3014	0.2237	0.9138	0.1513	0.0164	1.0414	0.1426	0.6869	77.0483	34.1917	534.1367
15	7.319	-1.2599	-0.1052	1.4619	-0.4045	2.6632	1.475	0.1525	-0.8967	0.3841	-1.1764	-0.3771	0.2834	0.4348	-0.0788	0.8747	-0.0381	-0.1252	0.6057	0.1754	0.5765	84.6938	25.7707	547.8537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 453 through 463 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 464 through 480 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 481 through 507 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 508 through 513 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 514 through 527 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 528 through 550 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 551 through 570 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 583 through 605 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 606 through 614 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 615 through 633 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 651 through 661 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 662 through 683 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 684 through 697 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 698 through 735 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 736 through 750 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)