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- PDB-5xer: TK9 NMR structure in DPC micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xer
タイトルTK9 NMR structure in DPC micelle
要素THR-VAL-TYR-VAL-TYR-SER-ARG-VAL-LYS
キーワードPROTEIN FIBRIL / CYANA 2.1
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Translation of Structural Proteins / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / Virion Assembly and Release / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses ...SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Translation of Structural Proteins / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / Virion Assembly and Release / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / apoptotic process / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Ghosh, A. / Bhunia, A.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2018
タイトル: Structural insights of a self-assembling 9-residue peptide from the C-terminal tail of the SARS corona virus E-protein in DPC and SDS micelles: A combined high and low resolution spectroscopic study.
著者: Ghosh, A. / Bhattacharyya, D. / Bhunia, A.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THR-VAL-TYR-VAL-TYR-SER-ARG-VAL-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1161
ポリマ－1,1161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1160 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド THR-VAL-TYR-VAL-TYR-SER-ARG-VAL-LYS


分子量: 1116.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
参照: UniProt: P59637*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM TK9, 55.55 M H2O, 125 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O
Label: TK9 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMTK9natural abundance1
55.55 MH2Onatural abundance1
125 mMDPC[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 125 mM mM / Label: conditions_1 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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