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万見
- PDB-5xei: Crystal structure of the Smc head domain with a coiled coil and j... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xei
タイトルCrystal structure of the Smc head domain with a coiled coil and joint derived from Pyrococcus yayanosii
要素Chromosome partition protein Smc
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CELL CYCLE / Condensin / Smc / head domain / ABC-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


sister chromatid cohesion / chromosome condensation / chromosome / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus yayanosii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Lee, H. / Noh, H. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of Full-Length SMC and Rearrangements Required for Chromosome Organization
著者: Diebold-Durand, M.L. / Lee, H. / Ruiz Avila, L.B. / Noh, H. / Shin, H.C. / Im, H. / Bock, F.P. / Burmann, F. / Durand, A. / Basfeld, A. / Ham, S. / Basquin, J. / Oh, B.-H. / Gruber, S.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein Smc


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8251
ポリマ－60,8251
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area27620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)120.320, 50.836, 122.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein Smc


分子量: 60825.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-254 and 907-1177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus yayanosii (strain CH1 / JCM 16557) (古細菌)
株: CH1 / JCM 16557 / 遺伝子: smc, PYCH_01200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8AFS8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 7% PEG 3350, 4% Tacsimate pH4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.599→50 Å / Num. obs: 18871 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 50.93 Å2 / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XNS

5xns


解像度: 2.599→39.625 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 1903 10.08 %
Rwork0.2075 16968 -
obs0.2145 18871 92.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.22 Å2 / Biso mean: 64.9606 Å2 / Biso min: 29.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.599→39.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 0 13 4100
Biso mean---49.81 -
残基数----517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1815539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1652611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5994-2.66440.3532930.313888898170
2.6644-2.73640.40341220.30131053117581
2.7364-2.81690.3391310.30271165129689
2.8169-2.90780.32631320.28731141127389
2.9078-3.01170.33421280.26171166129490
3.0117-3.13220.31931360.24941183131991
3.1322-3.27470.30621390.23221234137395
3.2747-3.44730.30281370.21471278141598
3.4473-3.66310.27151460.20611283142998
3.6631-3.94570.28651440.19781284142899
3.9457-4.34230.29571510.18771305145699
4.3423-4.96960.21391440.159413051449100
4.9696-6.25720.2731460.19681323146999
6.2572-39.62960.22761540.17941360151499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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