PDB-2mxx: Structure of Amylase binding Protein A of Streptococcous gordonii...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mxx

タイトル

Structure of Amylase binding Protein A of Streptococcous gordonii: a potential receptor for human salivary amylase enzyme

要素

Amylase-binding protein AbpA

キーワード

HYDROLASE RECEPTOR

機能・相同性

: / Amylase-binding protein AbpA / nucleic acid binding / Amylase-binding protein AbpA

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus gordonii str. Challis (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization

Model details

closest to the average, model5

データ登録者

Sethi, A. / Mohanty, B. / Ramasubbu, N. / Gooley, P.R.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structure of amylase-binding protein A of Streptococcus gordonii: A potential receptor for human salivary alpha-amylase enzyme.
著者: Sethi, A. / Mohanty, B. / Ramasubbu, N. / Gooley, P.R.

履歴

登録	2015年1月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mxx.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mxx.ent.gz	1007 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xei-d 1ydu-d 2ve7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25435

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amylase-binding protein AbpA

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Amylase-binding protein AbpA 分子量: 19170.777 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 24-195 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus gordonii str. Challis (バクテリア) 株: Challis / 遺伝子: abpA, SGO_2105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A8AZZ3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HN(CA)CO
1	5	1	3D CC(CO)NH
1	6	1	3D (H)CC(CO)NH
1	7	1	3D 15N resolved [1H,1H]-NOESY
1	8	1	3D 13Cali resolved [1H,1H]-NOESY
1	9	1	3D 13Caro resolved [1H,1H]-NOESY
1	10	1	2D 15N{1H}-NOE

-
試料調製

詳細	内容: 325 uM U-98% 13C, U-98% 15N AbpA, 93% H2O/7% D2O / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 325 uM / 構成要素: AbpA-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	データ収集
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	解析
CARA	1.5.3	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.5.3	Keller and Wuthrich	peak picking
UNIO	2.0.1	Herrmann and Wuthrich	peak picking
UNIO	2.0.1	Herrmann and Wuthrich	noe assignment
UNIO	2.0.1	Herrmann and Wuthrich	構造決定
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
OPALp	1.2	Koradi,Billeter and Guntert	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1774 / NOE intraresidue total count: 402 / NOE long range total count: 194 / NOE medium range total count: 536 / NOE sequential total count: 642

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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