PDB-5xea: Structure of Thogoto virus envelope glycoprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xea

タイトル

Structure of Thogoto virus envelope glycoprotein

要素

Envelope glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Thogotovirus / Glycoprotein / Fusion machine

機能・相同性

Baculovirus Gp64, envelope glycoprotein / Baculovirus gp64 envelope glycoprotein family / modulation by virus of host process / membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion membrane / Envelope glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Thogoto virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Peng, R. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of human-infecting Thogotovirus fusogens support a common ancestor with insect baculovirus
著者: Peng, R. / Zhang, S. / Cui, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Qi, J.

履歴

登録	2017年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xea.cif.gz	514.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xea.ent.gz	419.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5xea_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xea_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5xea_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	5xea_validation.cif.gz	79.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xea	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xebC 3duzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zl2-2 5zkx-1 5xeb-3 5zkx-3 4bss-2 5zkx-2 4bss-1 5zl2-3 5xeb-1 5zl2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

162 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.198, 66.768, 120.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein / Surface glycoprotein 75

分子量: 52663.898 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-483 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the extra NAG residues are carbohydrate attached to the sample polypeptide chain by post-translational modification
由来: (組換発現)

Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
株: isolate SiAr 126 / 遺伝子: P4 / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P28977

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v Polyethylene glycol 10.000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97905 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 95874 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.832
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Num. unique obs: 8850 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DUZ

3duz

解像度: 2.093→35.325 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	4793	5 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1741	95820	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→35.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9345	0	232	972	10549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	13556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.914	3606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1708

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0928-2.1166	0.2918	111	0.2408	2244	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1166-2.1415	0.2836	150	0.2429	3053	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1415-2.1676	0.2902	163	0.231	3055	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1676-2.195	0.3029	177	0.2308	2990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.195-2.2239	0.2451	161	0.2229	3062	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2239-2.2544	0.2611	146	0.2152	3029	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2544-2.2866	0.2857	177	0.2165	3046	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2866-2.3207	0.2959	167	0.2134	3054	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3207-2.357	0.2801	161	0.2075	3023	X-RAY DIFFRACTION	99
2.357-2.3956	0.2401	148	0.2009	3070	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3956-2.4369	0.2342	139	0.1993	3069	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4369-2.4812	0.2268	161	0.1798	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4812-2.5289	0.251	157	0.1779	3046	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5289-2.5805	0.2371	167	0.1899	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5805-2.6366	0.2561	138	0.182	3064	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6366-2.6979	0.2337	166	0.1835	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6979-2.7654	0.2001	185	0.1783	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7654-2.8401	0.2085	156	0.1762	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8401-2.9236	0.2164	148	0.1779	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0179	0.2402	197	0.1781	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0179-3.1257	0.2275	173	0.1766	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1257-3.2508	0.2195	167	0.1691	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2508-3.3987	0.2025	179	0.165	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3987-3.5777	0.2139	168	0.1599	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5777-3.8016	0.197	139	0.1538	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8016-4.0947	0.1758	158	0.146	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0947-4.506	0.1743	147	0.1387	3099	X-RAY DIFFRACTION	99
4.506-5.1563	0.1719	164	0.1431	3075	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1563-6.4899	0.1879	151	0.1776	3121	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4899-35.3303	0.2018	172	0.1949	3001	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2604	0.1122	-0.3312	0.0221	-0.0445	1.0091	0.0552	-0.0905	-0.0148	0.0135	0.0181	0.0133	-0.1292	0.82	0	0.3687	-0.019	-0.0033	0.4435	-0.0179	0.3417	24.9227	-1.2955	59.4906
2	0.2768	-0.1701	-0.3131	-0.0713	-0.0451	1.9131	0.0803	0.0696	0.0901	-0.0501	-0.0108	-0.0556	-0.2504	0.4716	0.0102	0.3562	-0.0888	0.0092	0.4487	-0.01	0.379	25.8933	1.3975	19.1256
3	-0.0221	0.058	0.2374	0.8134	0.1721	1.0215	0.0627	-0.1113	0.0609	0.1431	0.0815	0.0615	-0.3237	0.7185	0.0003	0.3719	-0.0988	0.0061	0.6544	-0.0611	0.3557	30.9448	0.8263	55.1461
4	0.3148	-0.2656	0.0724	0.1061	-0.0134	0.1977	0.0164	-0.2684	-0.4256	0.086	-0.001	0.0423	0.335	0.4546	-0.0021	0.4087	0.0295	-0.014	0.6578	0.0509	0.3376	29.6956	-5.2056	55.8492
5	0.1512	0.3939	0.0308	0.133	0.0239	0.1874	0.0842	-0.017	-0.007	-0.0375	-0.0762	0.0235	-0.0088	-0.2491	-0	0.4123	0.0226	-0.0204	0.3397	0.0179	0.3467	7.8439	0.2485	85.1866
6	1.0195	0.2137	0.8531	0.3315	-0.2681	1.1605	-0.0869	-0.5117	0.1626	0.2866	0.0732	0.0355	-0.3974	0.2397	0.0003	0.7149	-0.0431	0.0886	0.3751	-0.0874	0.5584	9.8708	17.9057	107.4859
7	0.1525	0.1778	-0.0052	0.1396	-0.0313	0.0828	0.0678	0.0188	0.0003	-0.0909	0.1372	0.017	-0.3524	-0.0104	-0	0.5257	-0.0316	-0.0011	0.4857	-0.0085	0.3871	19.7121	5.3655	62.819
8	0.3789	-0.0912	-0.2089	0.4373	-0.093	0.1729	-0.1961	0.0833	0.15	-0.1075	0.0019	0.3445	-0.374	-0.0931	-0	0.3749	-0.0464	-0.0217	0.3877	0.0094	0.3432	14.0862	-1.1473	23.0103
9	0.1833	0.1576	-0.162	0.1632	-0.1703	0.1327	0.2313	0.1551	0.0642	0.2388	-0.145	-0.0557	0.0823	-0.3795	0.0175	0.5271	0.0951	0.0972	0.5065	-0.0476	0.5442	-0.4769	14.8415	102.3323
10	0.548	-0.0668	0.0131	0.4333	0.3003	0.1144	-0.0618	-0.1007	-0.0768	0.2268	0.0488	0.0087	0.564	0.6806	0.0072	0.4468	0.0266	-0.0144	0.2325	0.0304	0.3615	10.2655	-23.6887	44.8882
11	0.2073	0.0099	0.0371	0.1641	0.9049	2.0787	-0.0364	0.085	-0.1652	0.1227	0.0443	-0.0187	0.5458	0.1982	0.0001	0.5118	0.0546	-0.03	0.2966	-0.0124	0.4136	12.4714	-27.455	25.2557
12	0.6116	-0.4481	0.0843	0.2898	-0.3326	1.4096	-0.053	-0.191	-0.0418	0.3159	0.1981	-0.1012	0.4649	0.1584	-0	0.5435	-0.0275	0.0103	0.2865	0.0478	0.3523	5.9163	-19.566	60.1786
13	0.0138	0.073	0.0003	0.0974	0.0715	0.216	-0.0765	0.0213	-0.0147	0.1992	0.0081	0.106	0.0612	-0.1938	0	0.5686	0.0035	0.0492	0.3269	0.0075	0.401	1.0042	-16.0632	59.9682
14	0.056	0.1083	-0.182	0.2116	-0.075	0.2449	-0.0904	0.012	0.0598	-0.2005	0.024	0.0249	-1.0088	0.0584	-0	0.4707	-0.0302	0.0046	0.3566	-0.0216	0.3652	13.3992	9.5262	83.2227
15	1.0529	-0.0921	0.3327	0.7199	0.2245	0.2615	-0.235	0.1165	0.0584	0.0512	0.4472	-0.1583	0.1293	0.2113	0	0.5378	-0.0196	-0.0105	0.4849	-0.0794	0.4147	25.8728	5.5498	110.6419
16	-0.0268	-0.0364	-0.0132	-0.0937	-0.06	0.2541	0.0395	-0.0025	0.0229	-0.0362	0.0684	-0.0257	0.2384	0.4278	-0	0.4636	0.0217	0.0017	0.4505	0.016	0.4134	13.9111	-8.9739	70.7169
17	0.3538	0.1818	0.1499	0.3175	0.3851	0.3525	-0.0416	0.2271	0.0324	-0.2424	0.102	-0.1085	-0.2226	0.4019	-0	0.3804	0.0158	-0.0104	0.3951	-0.0066	0.3785	16.7645	-15.7636	22.6158
18	0.3798	-0.3003	0.0458	0.342	0.1612	0.1327	-0.0222	0.0671	0.3663	-0.1081	-0.015	-0.2173	0.1609	0.2916	0	0.5938	-0.0867	-0.0558	0.5527	-0.0204	0.5033	28.7042	14.9634	101.19
19	0.3831	-0.0246	0.2363	0.5525	0.2698	1.192	0.0058	0.0891	-0.0083	-0.0289	-0.0224	0.1246	-0.045	-0.3522	0.0064	0.3017	0.01	-0.0073	0.3647	0.0293	0.3931	-6.5571	-3.1894	20.4799
20	0.7202	0.3365	0.5415	0.3832	0.0823	1.4528	-0.0731	-0.0535	0.107	0.0241	-0.108	0.0686	-0.3898	-0.1076	-0.0002	0.5201	0.0554	0.0077	0.3171	0.0173	0.3863	-1.3598	12.5982	50.5838
21	0.2865	-0.3572	0.4514	0.4656	0.1238	0.7793	-0.1594	-0.0428	0.2561	-0.0017	0.0806	-0.253	-0.499	0.395	-0.0046	0.5968	-0.0431	-0.0425	0.2877	-0.0108	0.3882	6.7476	13.0509	52.1282
22	0.1656	-0.0474	0.0615	-0.1528	0.1037	0.2065	0.0979	0.0232	0.0628	-0.0304	0.0711	-0.0076	0.0417	0.6566	-0	0.4086	-0.0264	0.0098	0.3569	-0.0207	0.3436	18.8549	0.1158	84.7915
23	0.0884	-0.1707	-0.0139	0.4526	-0.0751	0.2045	-0.0632	-0.2307	0.1449	0.3394	0.0364	-0.0011	-0.229	0.2281	0	0.4364	-0.0494	0.0099	0.4189	0.0014	0.3815	11.0978	-3.8559	113.9024
24	0.0255	-0.1333	-0.1354	-0.3934	0.0994	0.1501	0.0599	-0.0114	-0.068	-0.0681	0.0967	-0.059	-0.1696	-0.2816	0.0001	0.5382	-0.0311	-0.0111	0.3753	0.0382	0.3568	3.7433	3.3269	82.5905
25	0.5372	-0.0843	0.2994	0.4978	-0.2374	0.236	0.0323	0.199	-0.1144	-0.1528	-0.0012	-0.0609	0.3311	0.0663	-0	0.286	0.0025	-0.0275	0.2981	0.0088	0.3718	2.8561	-9.6199	24.6499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 298 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 299 through 344 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 345 through 416 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 417 through 437 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 438 through 460 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 73 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 74 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 250 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 251 through 298 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 299 through 344 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 345 through 413 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 414 through 437 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 438 through 464 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 18 through 40 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 41 through 166 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 167 through 250 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 251 through 298 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 299 through 344 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 345 through 366 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 367 through 437 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 438 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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