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- PDB-5xe5: Discovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xe5
タイトルDiscovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from the opportunistic pathogen Mycobacterium abscessus
要素phloretin hydrolase
キーワードHYDROLASE / phloretin hydrolase / Bet v1 fold / C-C bond / flavonoid
機能・相同性phloretin hydrolase / phloretin hydrolase activity / DAPG hydrolase, PhiG domain / DAPG hydrolase PhiG domain / metal ion binding / Phloretin hydrolase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者He, Y.X. / Han, J.T. / Jia, W.J. / Zhang, Z.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Discovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from the opportunistic human pathogen Mycobacterium abscessus.
著者: Han, J.T. / Zhang, S.P. / Jia, W.J. / Zhang, Z. / Wang, Y. / He, Y.X.
履歴
登録2017年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phloretin hydrolase
B: phloretin hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0486
ポリマ－63,8752
非ポリマー1734
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.185, 63.118, 74.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 phloretin hydrolase


分子量: 31937.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_4487c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MK49
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Na-cacodylate pH 5.0, 1 M LiCl, 6.8% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 34081 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.851 / Net I/av σ(I): 12.737 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.17-2.212.70.3510.814183.1
2.21-2.253.20.2890.779194.9
2.25-2.293.30.2910.837196.2
2.29-2.343.30.2650.853197.5
2.34-2.393.30.2490.859198.9
2.39-2.443.40.2490.857198.3
2.44-2.513.30.2170.867199.7
2.51-2.573.20.1930.928197.8
2.57-2.653.50.1690.869198.8
2.65-2.733.50.1570.861199.1
2.73-2.833.50.1310.898198.8
2.83-2.953.40.1180.86199
2.95-3.083.30.1040.971198.8
3.08-3.243.20.0870.98198.6
3.24-3.443.50.0710.876198.7
3.44-3.713.40.0640.897198.9
3.71-4.083.30.0540.839199.3
4.08-4.673.40.0470.729199
4.67-5.893.30.0490.711199.6
5.89-503.30.0480.723199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HWP

3hwp


解像度: 2.17→36.786 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1587 5.07 %
Rwork0.2011 --
obs0.2037 31316 89.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.72 Å2 / Biso mean: 35.6812 Å2 / Biso min: 13.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→36.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 0 10 91 4623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1386408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5271662
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.158-2.22760.3406760.23311670174655
2.2276-2.30720.27151260.23882091221771
2.3072-2.39960.33131050.23632425253080
2.3996-2.50880.30331340.24152712284689
2.5088-2.6410.30861690.24572838300795
2.641-2.80640.3041540.25632957311199
2.8064-3.0230.33341510.25242992314399
3.023-3.3270.2951420.22842993313599
3.327-3.8080.24621680.20112997316599
3.808-4.79610.19411730.15143009318299
4.7961-36.79120.18331890.15193045323499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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