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- PDB-5xdz: Crystal structure of zebrafish SNX25 PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdz
タイトルCrystal structure of zebrafish SNX25 PX domain
要素(Cellular trafficking protein) x 2
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / Sorting nexin / PX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-25 / SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain ...Sorting nexin-25 / SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular trafficking protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Su, K. / Zhang, Y. / Xu, J. / Liu, J.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure of the PX domain of SNX25 reveals a novel phospholipid recognition model by dimerization in the PX domain
著者: Su, K. / Xu, T. / Yu, Z. / Zhu, J. / Zhang, Y. / Wu, M. / Xiong, Y. / Liu, J. / Xu, J.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cellular trafficking protein
A: Cellular trafficking protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8845
ポリマ－27,8032
非ポリマー813
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.150, 82.830, 36.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-802-

CL

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要素

#1: タンパク質 Cellular trafficking protein


分子量: 13966.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 633-751 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: snx25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6K2H9
#2: タンパク質 Cellular trafficking protein


分子量: 13835.764 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 633-751 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: snx25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6K2H9
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.25 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→68.15 Å / Num. obs: 23068 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 155855 / Scaling rejects: 341
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.736.80.276827512190.9690.1080.2982.599.2
9-68.156.20.07612071950.9910.0280.08224.196.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PQO

4pqo


解像度: 1.7→52.627 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 1151 5 %
Rwork0.1888 --
obs0.1912 23023 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.84 Å2 / Biso mean: 38.6839 Å2 / Biso min: 8.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→52.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 3 76 1889
Biso mean--28.52 32.11 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3462532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.19709
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.77740.33731380.23312687282599
1.7774-1.87110.26891420.2132702284499
1.8711-1.98830.2411600.19652712287299
1.9883-2.14190.22931370.17962716285399
2.1419-2.35740.2241300.18492710284098
2.3574-2.69850.24651360.19262768290499
2.6985-3.39980.23811510.19152736288798
3.3998-52.65170.22521570.182841299896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8124-0.4554-0.91410.7643-0.14391.69010.27050.2229-0.30460.47020.0912-0.13370.51860.13820.01440.1892-0.0048-0.0870.1546-0.00580.26883.996-10.78297.8629
20.8217-1.30890.70832.46380.00353.37350.2607-0.0699-0.27350.2693-0.0639-0.15320.0125-0.06920.09660.0988-0.0233-0.0620.10240.00320.15787.1411-9.2379.6658
31.9760.07160.70382.0014-0.71681.06810.08260.1295-0.1279-0.1932-0.0083-0.10930.24750.28230.00050.14650.0058-0.00790.1275-0.00710.14858.2463-13.51861.5316
41.9298-0.0714-0.0013.33381.53132.8388-0.09580.56450.7093-1.57730.4229-0.2906-0.64991.03140.78940.3983-0.1284-0.0530.35970.10760.048210.2721-4.7092-5.8322
51.1579-0.8055-0.51460.8914-0.38691.77960.01210.17590.209-0.15140.00680.1534-0.42660.0595-0.00070.17160.00810.00010.14750.0070.13724.8724-2.23561.1098
60.1913-0.2850.08780.55260.07190.25630.17840.0755-0.3442-0.1302-0.40341.28190.0676-0.6267-0.00460.3388-0.0439-0.11640.4163-0.07220.3876-4.1262-17.7246-4.3107
70.343-0.0624-0.4540.6212-0.11170.6088-0.0336-0.0824-0.0341-0.108-0.22260.08120.06390.1095-0.00130.2015-0.0114-0.00310.16270.00490.12675.8334-19.66097.8199
80.9143-0.72740.44571.2429-0.34921.72110.56070.5427-0.4794-0.53-0.38880.4913-0.0225-0.23370.01770.28540.030.04430.306-0.04960.32125.591-34.659612.8419
90.09490.2565-0.36231.6592-0.09212.8164-0.06720.15111.0626-0.76420.0035-0.3156-0.07050.13910.01890.125-0.00740.01420.13990.00510.344610.6814-33.50711.5782
102.8854-0.6708-0.08972.544-0.04080.5994-0.2392-0.2939-0.00830.58210.1466-0.02470.19460.08530.00090.23630.0373-0.02080.14490.02240.14638.8351-29.158122.0589
112.1262-0.24981.70152.3965-0.04861.80940.066-0.1522-0.38170.13750.04030.1780.03450.0280.00610.180.00390.04310.17360.04240.15489.6478-34.425319.9647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 632 through 649 )B632 - 649
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 650 through 672 )B650 - 672
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 673 through 693 )B673 - 693
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 694 through 714 )B694 - 714
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 715 through 733 )B715 - 733
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 734 through 741 )B734 - 741
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 742 through 753 )B742 - 753
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 633 through 648 )A633 - 648
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 649 through 672 )A649 - 672
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 673 through 699 )A673 - 699
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 700 through 752 )A700 - 752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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