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- PDB-5xdn: Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdn
タイトルCrystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in P22121 space group
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel structure / CELL-FREE SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Mitochondrial protein import / phosphatidylcholine binding / positive regulation of type 2 mitophagy / oxysterol binding / Pyruvate metabolism / monoatomic anion transport / pyruvate metabolic process / cholesterol binding / lipid transport / porin activity / pore complex / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / epithelial cell differentiation / learning / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial membrane / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apoptotic process / synapse / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / DODECANE / HEXANE / N-OCTANE / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structural characterization reveals novel oligomeric interactions of human voltage-dependent anion channel 1
著者: Hosaka, T. / Okazaki, M. / Kimura-Someya, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ito, K. / Yokoyama, S. / Dodo, K. / Sodeoka, M. / Shirouzu, M.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
B: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,51011
ポリマ－64,4262
非ポリマー1,0849
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area32130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.700, 84.960, 146.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 32213.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDAC1, VDAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21796

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非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#3: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 36% PEG300, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→45.86 Å / Num. obs: 12096 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.167 % / Biso Wilson estimate: 57.331 Å2 / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.385 / Rrim(I) all: 0.406 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 122979 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.15-3.2310.5921.3691.41101269619560.7391.43899.5
3.23-3.3210.6491.1231.797449349150.821.17998
3.32-3.429.7490.9131.985609048780.910.96397.1
3.42-3.527.7850.6722.0533638844320.9430.71448.9
3.52-3.6410.3350.632.8486718548390.9310.66298.2
3.64-3.777.3310.692.1534608294720.9170.73656.9
3.77-3.9110.5710.5633.484258207970.9340.59297.2
3.91-4.0710.5140.5023.8778337677450.9470.52797.1
4.07-4.2510.6230.375.0677027477250.9770.38897.1
4.25-4.4510.4340.3266.0774297307120.980.34297.5
4.45-4.710.4410.2916.7568916806600.9860.30597.1
4.7-4.9810.5060.2826.6765986516280.990.29596.5
4.98-5.3210.560.3155.8862416135910.9710.33196.4
5.32-5.7510.4550.3095.8157715705520.980.32496.8
5.75-6.310.3940.296.0652805265080.9730.30596.6
6.3-7.0410.4090.276.3248094884620.9880.28494.7
7.04-8.1310.2880.286.7743624424240.9920.29595.9
8.13-9.9610.1470.287.835823743530.9640.29594.4
9.96-14.099.7330.3218.4327353022810.9170.34193
14.09-45.868.4160.288.7913971931660.9640.30186

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EMN

3emn


解像度: 3.15→45.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 27.807 / SU ML: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.605 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2998 564 4.7 %RANDOM
Rwork0.2658 ---
obs0.2673 11508 91.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.52 Å2 / Biso mean: 66.266 Å2 / Biso min: 13.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--3.75 Å2-0 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4167 0 76 56 4299
Biso mean--56.97 39.36 -
残基数----549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.024319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0431.9615795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7835542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10924.831178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.95715712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8411514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023164
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 47 -
Rwork0.378 906 -
all-953 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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