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- PDB-5xdh: His/DOPA ligated cytochrome c from an anammox organism KSU-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdh
タイトルHis/DOPA ligated cytochrome c from an anammox organism KSU-1
要素Putative cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c / ET protein / DOPA ligand
機能・相同性Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / ACETATE ION / HEME C / Putative cytochrome c
機能・相同性情報
生物種Candidatus Jettenia caeni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Hira, D. / Kitamura, R. / Nakamura, T. / Yamagata, Y. / Furukawa, K. / Fujii, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25850076 日本
Japan Society for the Promotion of Science26450105 日本
Kato Memorial Bioscience Foundation 日本
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Anammox Organism KSU-1 Expresses a Novel His/DOPA Ligated Cytochrome c.
著者: Hira, D. / Kitamura, R. / Nakamura, T. / Yamagata, Y. / Furukawa, K. / Fujii, T.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02025年9月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytochrome c
B: Putative cytochrome c
C: Putative cytochrome c
D: Putative cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,36213
ポリマ－37,4824
非ポリマー2,8809
水9,224512
1
A: Putative cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2035
ポリマ－9,3701
非ポリマー8334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5240 Å2
手法PISA
2
B: Putative cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0853
ポリマ－9,3701
非ポリマー7152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
3
C: Putative cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9892
ポリマ－9,3701
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5050 Å2
手法PISA
4
D: Putative cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0853
ポリマ－9,3701
非ポリマー7152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.794, 47.687, 48.993
Angle α, β, γ (deg.)96.460, 99.010, 102.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Putative cytochrome c


分子量: 9370.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Jettenia caeni (バクテリア)
株: KSU-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3IL56
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3.2M ammonium sulfate, 200mM Potassium sodium tartrate, 100mM Sodium acetate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU21.7
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX300HE1CCD2016年12月11日
RAYONIX MX300HE2CCD2014年5月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.71
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 83160 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.804 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.32-1.3440.3040.9420.1760.3511.44894.1
1.34-1.3740.2780.9450.1610.3221.47594.2
1.37-1.3940.2480.950.1440.2871.54294.5
1.39-1.4240.2140.9680.1240.2471.50594.8
1.42-1.4540.20.9670.1160.2311.58594.9
1.45-1.4940.1760.9750.1020.2041.63895.3
1.49-1.5240.1470.9820.0850.171.6495.3
1.52-1.5740.1290.9840.0750.1491.72895.8
1.57-1.6140.1150.9890.0670.1331.69995.8
1.61-1.6640.1040.990.060.121.75696.1
1.66-1.7240.0930.9920.0540.1071.77996.4
1.72-1.7940.0770.9840.0450.091.83696.6
1.79-1.8740.0630.9960.0370.0731.91196.9
1.87-1.9740.0550.9960.0320.0641.97897.2
1.97-2.140.0480.9970.0280.0562.06397.5
2.1-2.2640.0410.9980.0240.0482.03797.7
2.26-2.4840.0390.990.0230.0462.09898.1
2.48-2.8440.0350.9980.020.042.15698.5
2.84-3.5840.030.9990.0170.0352.08798.9
3.58-503.90.0280.9980.0170.0332.06696.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
AutoSol位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.32→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.387 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1752 4109 4.9 %RANDOM
Rwork0.1549 ---
obs0.1559 79049 96.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 48.39 Å2 / Biso mean: 14.807 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.17 Å2-0.36 Å2
2--0.23 Å2-0.09 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 0 195 512 3317
Biso mean--11.76 28.29 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8222.0824251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.263.0026416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3245400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36826.842133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01115529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.044158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02596
LS精密化 シェル解像度: 1.322→1.356 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 260 -
Rwork0.185 5598 -
all-5858 -
obs--91.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68930.119-0.0390.2410.06950.0331-0.020.00630.0623-0.00920.0190.00830.01040.00180.0010.0340.00320.00920.03320.00230.02477.883915.2814-5.5503
20.32530.10530.26850.32290.24850.80310.0547-0.0169-0.0116-0.0235-0.0143-0.02850.00470.0152-0.04040.03390.00210.00540.04280.00290.003810.2112-1.319915.1444
30.9982-0.2120.32580.11550.03060.31790.00660.0468-0.06510.02280.01450.01860.01440.0132-0.02120.02850.0098-0.00610.03360.00790.0287-11.56983.1399-13.3015
40.32710.29980.09740.4980.26260.355-0.0005-0.0135-0.00550.0036-0.0496-0.0072-0.0216-0.01070.050.02470.00630.00330.02280.00180.0301-5.6552-16.3714.472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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