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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xbl | ||||||
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タイトル | Structure of nuclease in complex with associated protein | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / nuclease / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) Listeria monocytogenes (バクテリア) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.052 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, D. / Guo, M. / Wang, S. / Zhu, Y. / Huang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structural basis of CRISPR-SpyCas9 inhibition by an anti-CRISPR protein 著者: Guo, M. / Wang, S. / Zhu, Y. / Wang, S. / Xiong, Z. / Yang, J. / Xu, Z. / Huang, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xbl.cif.gz | 338.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xbl.ent.gz | 263.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xbl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xbl_validation.pdf.gz | 468.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xbl_full_validation.pdf.gz | 494 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xbl_validation.xml.gz | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xbl_validation.cif.gz | 70 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xbl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 158699.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10182.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A247D711*PLUS |
#3: RNA鎖 | 分子量: 31689.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M MgCl2 and 14% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 45371 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 10.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.052→41.78 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.052→41.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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