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- PDB-5xbk: Crystal structure of human Importin4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xbk
タイトルCrystal structure of human Importin4
要素
  • Importin-4
  • histone H3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Histone / Chromatin / Assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / protein localization to nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin / protein-containing complex ...nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / protein localization to nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 ...Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.2 / Importin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.223 Å
データ登録者Song, J.J. / Yoon, J.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Integrative Structural Investigation on the Architecture of Human Importin4_Histone H3/H4_Asf1a Complex and Its Histone H3 Tail Binding
著者: Yoon, J. / Kim, S.J. / An, S. / Cho, S. / Leitner, A. / Jung, T. / Aebersold, R. / Hebert, H. / Cho, U.S. / Song, J.J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the Architecture of human Importin4_Histone H3/H4_Asfla complex and its histone H3 tail binding
著者: Yoon, J. / Song, J.J.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Importin-4
A: Importin-4
B: Importin-4
C: Importin-4
E: histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,2915
ポリマ－181,2915
非ポリマー00
水00
1
D: Importin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8351
ポリマ－44,8351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Importin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8351
ポリマ－44,8351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Importin-4
E: histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7852
ポリマ－46,7852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Importin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8351
ポリマ－44,8351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.021, 108.536, 124.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Importin-4 / Imp4 / Importin-4b / Imp4b / Ran-binding protein 4 / RanBP4


分子量: 44835.434 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 668-1081 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPO4, IMP4B, RANBP4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TEX9
#2: タンパク質・ペプチド histone H3


分子量: 1949.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84233*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium tartrate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 26893 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 90.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 3.232 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 247205
反射 シェル解像度: 3.2→3.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XAH

5xah


解像度: 3.223→49.977 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 2672 9.94 %
Rwork0.218 --
obs0.2246 26872 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.223→49.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11165 0 0 0 11165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67215432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3974191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2231-3.28170.37411100.32351010X-RAY DIFFRACTION77
3.2817-3.34480.34981310.30281269X-RAY DIFFRACTION100
3.3448-3.4130.37791310.28041325X-RAY DIFFRACTION100
3.413-3.48720.32681480.2551277X-RAY DIFFRACTION100
3.4872-3.56830.34141410.24761286X-RAY DIFFRACTION100
3.5683-3.65760.27421200.24511294X-RAY DIFFRACTION100
3.6576-3.75640.31841450.24291308X-RAY DIFFRACTION100
3.7564-3.86690.28371530.23031285X-RAY DIFFRACTION100
3.8669-3.99170.311390.23061289X-RAY DIFFRACTION100
3.9917-4.13430.29551400.23211292X-RAY DIFFRACTION100
4.1343-4.29970.29461450.20981297X-RAY DIFFRACTION100
4.2997-4.49530.28761710.19691257X-RAY DIFFRACTION100
4.4953-4.73210.27211430.20031299X-RAY DIFFRACTION100
4.7321-5.02830.23111430.18441316X-RAY DIFFRACTION100
5.0283-5.41620.28881670.21151277X-RAY DIFFRACTION100
5.4162-5.96040.31381280.24311305X-RAY DIFFRACTION100
5.9604-6.8210.3271240.23761317X-RAY DIFFRACTION100
6.821-8.58670.23721440.19521276X-RAY DIFFRACTION97
8.5867-49.98320.23831490.18681221X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1702 Å / Origin y: -9.8608 Å / Origin z: -29.957 Å
111213212223313233
T0.7656 Å20.0449 Å2-0.0203 Å2-0.8207 Å20.0246 Å2--0.6987 Å2
L0.1931 °20.0203 °20.0116 °2-0.3459 °2-0.0062 °2--0.045 °2
S-0.0346 Å °0.0746 Å °-0.0051 Å °-0.0314 Å °0.0622 Å °0.0099 Å °-0.0492 Å °-0.0057 Å °-0.0221 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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