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- PDB-5xbf: Crystal Structure of Myo7b C-terminal MyTH4-FERM in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xbf
タイトルCrystal Structure of Myo7b C-terminal MyTH4-FERM in complex with USH1C PDZ3
要素
  • Harmonin
  • Unconventional myosin-VIIb
キーワードMOTOR PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT/STRUCTURAL PROTEIN / Protein complex / Molecular motor / PROTEIN TRANSPORT-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microvillus / apical cytoplasm / brush border assembly / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / auditory receptor cell morphogenesis ...protein localization to microvillus / apical cytoplasm / brush border assembly / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / myosin complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / spectrin binding / microvillus / brush border / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / actin filament organization / sensory perception of sound / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical part of cell / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein-containing complex assembly / cell differentiation / cytoskeleton / cilium / synapse / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / : / : / MyTH4 domain ...Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / : / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Acyl-CoA Binding Protein / IQ calmodulin-binding motif / Variant SH3 domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-MALATE / Unconventional myosin-VIIb / Harmonin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Li, J. / He, Y. / Weck, W.L. / Lu, Q. / Tyska, M.J. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of Myo7b/USH1C complex suggests a general PDZ domain binding mode by MyTH4-FERM myosins.
著者: Li, J. / He, Y. / Weck, M.L. / Lu, Q. / Tyska, M.J. / Zhang, M.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VIIb
B: Harmonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7717
ポリマ－73,3022
非ポリマー4695
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.634, 42.537, 118.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VIIb


分子量: 59444.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1601-2116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO7B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIF6
#2: タンパク質 Harmonin / Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Protein PDZ-73 / Renal ...Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Protein PDZ-73 / Renal carcinoma antigen NY-REN-3 / Usher syndrome type-1C protein


分子量: 13857.638 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 428-552 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USH1C, AIE75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6N9

-
非ポリマー , 4種, 270分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 8% tacsimate, pH 7.0 and 20% v/w PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 63640 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.548 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8330.4920.8720.330.5950.99799.8
1.83-1.863.10.4210.8950.2820.5091.04499.7
1.86-1.930.3480.9320.2330.4211.12699.8
1.9-1.9430.2850.9490.190.3441.17499.8
1.94-1.983.10.2380.9640.1580.2871.16999.7
1.98-2.033.10.1970.9690.1320.2381.24799.8
2.03-2.083.10.1680.9750.1110.2021.26699.6
2.08-2.1330.1390.9820.0920.1681.30399.7
2.13-2.23.10.1230.9850.0810.1471.30199.5
2.2-2.273.10.1010.9910.0670.1221.33599.6
2.27-2.353.10.0970.990.0640.1161.36199.4
2.35-2.443.10.0830.9920.0540.11.40699.5
2.44-2.553.10.0730.9930.0480.0871.38899.4
2.55-2.693.10.0620.9950.040.0741.45199.1
2.69-2.863.10.0570.9950.0370.0681.63399.2
2.86-3.083.10.0560.9950.0360.0672.24298.9
3.08-3.3930.0540.9950.0350.0652.89598.1
3.39-3.882.90.0480.9950.0320.0583.14697.6
3.88-4.8830.0390.9960.0260.0472.29297.8
4.88-5030.0310.9970.020.0361.3896.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.802→35.293 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 3147 4.95 %
Rwork0.1871 --
obs0.1883 63626 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.04 Å2 / Biso mean: 37.5902 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.802→35.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4583 0 31 265 4879
Biso mean--63.21 34.71 -
残基数----586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9976486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7723875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8016-1.82970.30251590.27162680283998
1.8297-1.85970.27641260.25627482874100
1.8597-1.89180.28051290.238427882917100
1.8918-1.92620.26041330.223227272860100
1.9262-1.96320.25431460.223427362882100
1.9632-2.00330.27151470.214427382885100
2.0033-2.04680.22181380.20827642902100
2.0468-2.09440.24531370.198127482885100
2.0944-2.14680.21611330.190127652898100
2.1468-2.20490.22411360.194327422878100
2.2049-2.26970.22961490.19482751290099
2.2697-2.3430.23641520.19482750290299
2.343-2.42670.22721580.19522708286699
2.4267-2.52380.22651410.194527692910100
2.5238-2.63870.21961440.19262752289699
2.6387-2.77770.22781570.19122706286399
2.7777-2.95170.19581390.19352760289999
2.9517-3.17940.21891420.19342765290799
3.1794-3.49910.22821430.19312761290498
3.4991-4.00490.18491410.17112707284897
4.0049-5.04340.16341480.15132789293798
5.0434-35.29980.18611490.17162825297497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09210.8232-0.65451.418-1.09452.44480.17460.1539-0.0926-0.54140.105-0.6143-0.111.0473-0.12040.6360.00040.24750.7015-0.14960.422923.32574.6425-9.126
20.5699-0.4984-0.8760.9140.99324.5760.09010.11190.0543-0.17730.0782-0.15850.09780.3109-0.1580.331-0.0323-0.00130.2385-0.01170.23598.08688.772110.5675
32.33180.0376-0.67220.5583-0.08541.26450.028-0.09270.01910.02640.007-0.0345-0.15570.0626-0.02690.2151-0.0369-0.03370.1431-0.00690.22032.425611.320247.013
46.6849-0.70871.45995.0597-0.36077.7330.0047-0.2672-1.06240.05610.0704-0.35871.3819-0.0909-0.07350.5128-0.0398-0.05130.4007-0.01410.54939.2345-14.278848.1266
52.2377-1.49240.20421.0577-0.58165.2298-0.46930.2448-0.4137-0.54390.24-0.06940.1953-0.27050.28340.4302-0.16190.03860.4251-0.0790.324334.8136-10.176740.5446
66.2324-4.0978-0.74574.86163.56695.790.08690.28690.2799-0.2081-0.0366-0.3298-0.0363-0.2943-0.00320.2129-0.1024-0.0060.31180.04670.234431.80632.290637.4175
71.46320.88670.84462.42690.04752.2206-0.5310.7409-0.5327-0.65590.2984-0.36490.49770.010.11130.336-0.1310.080.4467-0.09030.335936.5711-5.028434.5998
81.527-2.34031.13883.7776-0.9254.2715-0.08580.8948-0.3615-1.193-0.1847-0.73970.30130.67260.3130.4944-0.04850.18490.6564-0.17120.411339.9688-12.001634.4512
96.5418-6.70632.49658.1035-3.16011.40890.123-0.136-0.347-0.1608-0.01460.2844-0.00280.0322-0.16350.2241-0.0455-0.00750.23590.00420.304414.5967-0.118243.071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1607 through 1678 )A1607 - 1678
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1679 through 1903 )A1679 - 1903
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1904 through 2100 )A1904 - 2100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 432 through 444 )B432 - 444
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 445 through 465 )B445 - 465
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 466 through 484 )B466 - 484
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 485 through 527 )B485 - 527
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 528 through 538 )B528 - 538
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 539 through 552 )B539 - 552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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