PDB-5xav: Structure of PhaC from Chromobacterium sp. USM2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xav

タイトル

Structure of PhaC from Chromobacterium sp. USM2

要素

Intracellular polyhydroxyalkanoate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / bioplastic synthase / PhaC

機能・相同性

Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase, N-terminal domain / Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I / : / Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (PhaC) N-terminus / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acyltransferase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / cytoplasm / Intracellular polyhydroxyalkanoate synthase

機能・相同性情報

生物種

Chromobacterium sp. USM2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Arsad, H. / Samian, M.R. / Sudesh, K. / Hakoshima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure of polyhydroxyalkanoate (PHA) synthase PhaC from Chromobacterium sp. USM2, producing biodegradable plastics
著者: Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Arsad, H. / Samian, M.R. / Sudesh, K. / Hakoshima, T.

履歴

登録	2017年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xav.cif.gz	348.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xav.ent.gz	284.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xlv-1 6sbb-d 5w8p-d 3e6e-2 5yu3-1 1n1y-d 3e80-3 2vqq-d 2hej-d 1a4q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Intracellular polyhydroxyalkanoate synthase

B: Intracellular polyhydroxyalkanoate synthase

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Analytical ultracentrifugation with a sedimentation velocity method

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.332, 117.332, 105.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Intracellular polyhydroxyalkanoate synthase 分子量: 43829.395 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 175-567 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium sp. USM2 (バクテリア) 遺伝子: phaC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1APK1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM Bis-Tris pH5.5, 60 mM Ammonium sulfate 5% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.479→50 Å / Num. obs: 137720 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 58.6
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 6.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		data processing
autoSHARP		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
REFMAC		精密化
Coot		精密化
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.479→36.105 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1574	6908	5.03 %
R_work	0.1211	-	-
obs	0.123	137380	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.479→36.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5919	0	0	1049	6968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	6098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.603	8314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.888	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.132	908
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4787-1.4955	0.206	224	0.1738	4260	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4955-1.5131	0.2291	226	0.1687	4348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5131-1.5316	0.2068	231	0.16	4346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5316-1.5509	0.2022	237	0.1468	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5509-1.5714	0.1712	190	0.1376	4346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5714-1.5929	0.1867	231	0.1283	4393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5929-1.6156	0.1799	235	0.1233	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6156-1.6398	0.1734	250	0.1182	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6398-1.6654	0.1902	245	0.118	4335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6654-1.6927	0.1521	232	0.1106	4333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6927-1.7219	0.173	237	0.1124	4356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7219-1.7532	0.1686	209	0.1093	4376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7532-1.7869	0.1481	225	0.1076	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7869-1.8234	0.1551	262	0.1134	4328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8234-1.863	0.163	239	0.1105	4391	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.9064	0.1562	198	0.1082	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9064-1.954	0.1467	221	0.1049	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.954-2.0069	0.147	234	0.1042	4326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0069-2.0659	0.1645	208	0.1071	4391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0659-2.1326	0.1482	218	0.104	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1326-2.2088	0.1387	212	0.105	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2088-2.2972	0.1535	242	0.1094	4370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2972-2.4017	0.1659	247	0.1162	4341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4017-2.5283	0.1595	225	0.1201	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5283-2.6867	0.1689	240	0.121	4378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6867-2.894	0.1436	231	0.125	4356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.894-3.1851	0.1624	249	0.1286	4383	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1851-3.6456	0.1483	242	0.1249	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6456-4.5917	0.1353	236	0.1179	4358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5917-36.1161	0.1612	232	0.1439	4227	X-RAY DIFFRACTION	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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