PDB-5xa6: Ion channel modulation by scorpion haemolymph and its defensin in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xa6

タイトル

Ion channel modulation by scorpion haemolymph and its defensin ingredients uncovers origin of neurotoxins in telson formed in Paleozoic scorpion

要素

BmKDfsin3

キーワード

TOXIN / Inhibitor / Neurotoxin / Potassium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Buthus sp. IY-2001 (サソリ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Tian, C. / Wu, Y. / Meng, L. / Qu, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ion channel modulation by scorpion haemolymph and its defensin ingredients uncovers origin of neurotoxins in telson formed in Paleozoic scorpion
著者: Meng, L. / Qu, D. / Xie, Z. / Zhang, Q. / Li, Y. / Yang, F. / Chen, Z. / Li, W. / Cao, Z. / Tian, C. / Wu, Y.

履歴

登録	2017年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xa6.cif.gz	245.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xa6.ent.gz	202 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xa6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xa6_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xa6_full_validation.pdf.gz	616 KB	表示
XML形式データ	5xa6_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	5xa6_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xa6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wny-3 2mel-d 1zfu-d 1i25-d 1gpt-d 6kra-d 3wny-8 6k51-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36065Ion channel modulation by scorpion haemolymph and its defensin ingredients uncovers origin of neurotoxins in telson formed in Paleozoic scorpion

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BmKDfsin3

4.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	BmKDfsin3 分子量: 4506.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Buthus sp. IY-2001 (サソリ) / 参照: UniProt: A0A384E0Y8*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 36.75 mM NaH2PO4, 13.25 mM Na2HPO4, 90% H2O/10% D2O / Label: sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
36.75 mM	NaH2PO4	natural abundance	1
13.25 mM	Na2HPO4	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 76.5 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
VNMR	Varian	collection
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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