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万見
- PDB-5x6t: N-terminal Zinc Finger of Synaptotagmin-like Protein 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6t
タイトルN-terminal Zinc Finger of Synaptotagmin-like Protein 4
要素Synaptotagmin-like protein 4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Synaptotagmin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of plasma membrane repair / neurexin family protein binding / exocytic vesicle / platelet alpha granule membrane / multivesicular body sorting pathway / lysosome localization / plasma membrane repair / insulin secretion / transport vesicle membrane / exocytosis ...regulation of plasma membrane repair / neurexin family protein binding / exocytic vesicle / platelet alpha granule membrane / multivesicular body sorting pathway / lysosome localization / plasma membrane repair / insulin secretion / transport vesicle membrane / exocytosis / positive regulation of exocytosis / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / phospholipid binding / small GTPase binding / Platelet degranulation / endosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin-like protein 4/5, C2A domain / Synaptotagmin-like protein 4 , FYVE-related domain / Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Synaptotagmin-like protein 4/5, C2A domain / Synaptotagmin-like protein 4 , FYVE-related domain / Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Miyamoto, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: The unique N-terminal zinc finger of synaptotagmin-like protein 4 reveals FYVE structure
著者: Miyamoto, K. / Nakatani, A. / Saito, K.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1723
ポリマ－6,0411
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: modification of Cys
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4660 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-like protein 4 / Exophilin-2 / Granuphilin


分子量: 6040.966 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 59-111 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96C24
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HNCA
131isotropic1HN(CA)CO
151isotropic1HN(CO)CA
141isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM d11 Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM d10 1,4-DL-dithiothreitol, 50 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O
Label: C13 N15 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTris-HCld111
50 mMNaClnatural abundance1
1 mM1,4-DL-dithiothreitold101
50 uMZnCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 250 mM / Label: 1 / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: NMRView / 分類: 構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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