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- PDB-5x6m: Crystal Structure of SMAD5-MH1 in complex with a composite DNA se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6m
タイトルCrystal Structure of SMAD5-MH1 in complex with a composite DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 5
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / Smad5 MH1 domain / composite DNA / SBE DNA / GC-rich DNA / METAL BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Fas signaling pathway / Mullerian duct regression / Signaling by BMP / osteoblast fate commitment / heteromeric SMAD protein complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / embryonic pattern specification / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / cartilage development ...negative regulation of Fas signaling pathway / Mullerian duct regression / Signaling by BMP / osteoblast fate commitment / heteromeric SMAD protein complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / embryonic pattern specification / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / cartilage development / ureteric bud development / germ cell development / cellular response to organic cyclic compound / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / cardiac muscle contraction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / bone development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chai, N. / Wang, J. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31130062 中国
China National Basic Research Program2013CB530600 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the Smad5 MH1 domain to recognize different DNA sequences.
著者: Chai, N. / Li, W.X. / Wang, J. / Wang, Z.X. / Yang, S.M. / Wu, J.W.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年3月15日ID: 4ZL3
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mothers against decapentaplegic homolog 5
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*A)-3')
A: Mothers against decapentaplegic homolog 5
E: Mothers against decapentaplegic homolog 5
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*A)-3')
F: Mothers against decapentaplegic homolog 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,55812
ポリマ－96,2968
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area38430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.464, 119.464, 93.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Mothers against decapentaplegic homolog 5 / Mothers against DPP homolog 5 / Dwarfin-C / Dwf-C / SMAD family member 5 / mSmad5


分子量: 17322.232 Da / 分子数: 4 / 断片: MH1 domain (UNP RESIDUES 1-143) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smad5, Madh5, Msmad5 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97454
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6736.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量: 6767.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris, pH 6.5, 0.2M LiNO3, 8% PEG 3350, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979065 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979065 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 24244 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 22.11
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 4.55 / Num. unique obs: 2446 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.257 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KMP

3kmp


解像度: 3.2→29.937 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 1234 5.11 %Random
Rwork0.2105 ---
obs0.2125 24146 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 125.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3575 1804 4 0 5383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2318145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1362130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2002-3.32820.25551250.24352581X-RAY DIFFRACTION100
3.3282-3.47950.31351450.25782524X-RAY DIFFRACTION100
3.4795-3.66260.30921350.28462606X-RAY DIFFRACTION100
3.6626-3.89160.28341430.2682591X-RAY DIFFRACTION100
3.8916-4.19130.25791320.22742550X-RAY DIFFRACTION100
4.1913-4.61180.2671730.20252565X-RAY DIFFRACTION100
4.6118-5.27590.25951300.21492580X-RAY DIFFRACTION100
5.2759-6.63520.27931480.22182587X-RAY DIFFRACTION100
6.6352-29.93830.19871030.17022328X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78621.1975-0.26911.916-0.24843.954-0.3579-0.72961.26510.7241-0.10380.37-1.3279-0.25280.09721.46030.5-0.32840.804-0.36651.055493.7184-104.588611.843
23.5582-0.62422.841.0038-2.16446.42210.09110.10450.38950.48871.0133-0.2056-2.26041.12320.30811.40020.0204-1.25780.87180.58321.1988106.069-99.1171-6.6944
32.7294-0.48892.9712-0.3895-0.48455.1776-0.2798-0.1712-0.15980.50390.4798-0.4716-1.11480.26940.19551.2878-0.1652-0.73071.27820.29081.3492108.6544-99.4457-4.0803
41.73780.50880.61783.3450.74464.2433-0.37570.80960.1089-0.6217-0.0748-1.236-0.37021.15920.16930.5972-0.0850.15511.65130.48251.1362101.773-108.7483-36.1249
53.4777-0.08720.57944.4749-0.68435.3296-0.4688-0.3183-0.3240.6940.2935-0.61410.6285-0.53220.17161.0710.2550.13460.66510.05970.788992.0518-135.70710.4377
61.875-0.6915-1.26461.4010.37525.5383-0.072-0.3098-0.3771-0.20370.14380.26961.0008-0.33110.03541.42080.01250.38851.0193-0.11270.989476.2619-139.0362-6.1398
71.01320.3626-2.030.756-0.08554.94060.0546-0.3307-0.2610.22370.39720.52310.4867-0.2206-0.33631.0848-0.17960.38171.6217-0.21721.145174.1432-139.0925-3.3972
84.0141.4661-0.1824.6749-0.10494.06580.00670.93210.3216-0.0899-0.14570.88470.7856-0.41970.10220.5191-0.0517-0.01611.1208-0.15730.875.5105-126.025-34.8879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 13 through 134)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 1 through 22)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 1 through 22)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 12 through 133)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 13 through 133)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'G' and resid 1 through 22)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'H' and resid 1 through 22)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'F' and resid 13 through 133)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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