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- PDB-5x6f: Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6f
タイトルCrystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Phosphopantetheine adenylyltransferase / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


[citrate (pro-3S)-lyase] ligase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase ligase, C-terminal / Citrate lyase ligase C-terminal domain / Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Mondal, A. / Chatterjee, R. / Datta, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific and Industrial Research, Govt of IndiaBSC-0113, UNSEEN-BSC0116 インド
Department of Science and Technology, Govt. of IndiaSB/SO/BB - 36/2014 インド
引用ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2018
タイトル: Umbrella Sampling and X-ray Crystallographic Analysis Unveil an Arg-Asp Gate Facilitating Inhibitor Binding Inside Phosphopantetheine Adenylyltransferase Allosteric Cleft.
著者: Mondal, A. / Chatterjee, R. / Datta, S.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,35313
ポリマ－106,7736
非ポリマー5817
水41423
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7736
ポリマ－106,7736
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area15730 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area37730 Å2
手法PISA
2
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,93420
ポリマ－106,7736
非ポリマー1,16114
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15590 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area37890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.691, 65.035, 124.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 17795.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: coaD, PA0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I6D1, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, 0.1M HEPES pH 7.0, 5% isopropanol, 200mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 98.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→32.39 Å / Num. obs: 29671 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 16.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.593→32.388 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 34.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2906 1993 7.53 %
Rwork0.2654 --
obs0.2673 26454 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→32.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7464 0 38 23 7525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58310351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3294630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5931-2.65790.35841190.35591455X-RAY DIFFRACTION80
2.6579-2.72980.34461420.3331739X-RAY DIFFRACTION95
2.7298-2.810.33881460.33461787X-RAY DIFFRACTION98
2.81-2.90070.35381430.3111759X-RAY DIFFRACTION98
2.9007-3.00430.36291470.30281796X-RAY DIFFRACTION98
3.0043-3.12450.3411460.30731815X-RAY DIFFRACTION98
3.1245-3.26660.3221450.30351783X-RAY DIFFRACTION98
3.2666-3.43860.33341450.29711777X-RAY DIFFRACTION98
3.4386-3.65380.31481310.30781608X-RAY DIFFRACTION89
3.6538-3.93540.29871340.27591667X-RAY DIFFRACTION92
3.9354-4.33060.27661480.23351795X-RAY DIFFRACTION96
4.3306-4.95540.22081450.2211774X-RAY DIFFRACTION97
4.9554-6.23590.2931490.23471846X-RAY DIFFRACTION99
6.2359-32.39030.22751530.20931860X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.93681.13020.32943.777-1.47610.74050.76370.7185-0.11190.71150.37490.3093-0.4519-0.0506-1.07190.97350.2746-0.02521.5393-0.19660.5314-5.0233-32.7702-48.1848
20.167-0.561-0.07652.42730.35590.0517-0.25130.0882-0.3247-0.3765-0.09430.24360.4560.22310.42850.96240.05690.27531.4874-0.08170.5246-5.1375-27.9763-53.0423
30.38030.35040.48670.4981-0.14892.5651-0.0626-0.06610.0154-0.210.19330.04660.087-0.2465-0.00070.87780.16230.12551.3550.08790.4021-3.1033-30.4946-40.468
43.9843-3.2914-1.58344.34411.20774.2485-0.2580.63540.72790.5101-0.1314-0.59320.48730.42640.32180.7895-0.1499-0.0611.31790.05210.7106-7.0821-39.2226-50.3706
58.5334-3.99525.16318.91490.45376.3325-0.71681.3438-0.03820.2744-1.0565-0.26830.8719-0.2151.75841.34770.22420.21691.2498-0.02410.6454-2.7099-47.9577-53.6055
62.17411.0475-1.06890.7648-0.77810.7888-0.54740.9782-0.00530.23170.41390.02240.35270.20960.14020.87890.17440.07131.37420.11810.66566.8391-31.2293-50.5326
72.08960.42780.28690.1857-0.11710.3514-0.96980.35380.542-0.11560.5190.1376-0.08040.02120.43511.46340.0533-0.36891.0926-0.11170.598310.3574-22.9277-36.4766
81.29360.2305-0.4532.1243-0.23080.5562-0.00390.14760.00280.0350.16550.04720.0281-0.09350.00580.2531-0.054-0.25460.14620.00080.938115.263-28.554-15.1855
90.02810.00820.10331.03940.33580.4973-0.0717-0.11820.08930.0937-0.09120.42130.0575-0.2986-0.03540.1838-0.1974-0.24840.1044-0.09681.306818.194-36.5948-11.5794
107.7329-4.80480.5323.9385-0.75211.2848-0.5103-0.59340.2468-0.08460.7731-0.0158-0.1234-0.1797-0.17510.2624-0.0283-0.07710.29990.02331.181212.0595-32.6146-4.4478
111.1326-0.1288-0.40491.67790.45720.59330.09990.3040.5109-0.4796-0.4524-0.1017-0.11330.03310.18690.30130.1559-0.12130.20830.00390.9195-0.2521-23.5873-20.505
127.3087-0.66181.39152.99184.74658.3655-1.1506-0.93220.49961.14380.62641.14251.6621-0.05910.5310.9607-0.06860.23341.281-0.00470.7951-8.8011-39.107-74.4993
132.40890.66011.56232.61481.63631.6462-0.45940.32790.24850.0722-0.25880.21870.1121-0.50060.71651.0621-0.0258-0.06731.527-0.08880.454-9.735-42.9432-77.5626
141.87520.813-0.46442.47541.1551.0038-0.39870.7461-0.1569-0.56410.08060.32540.4411-0.41950.39640.9967-0.10410.01271.5233-0.10720.6217-7.9936-35.7249-74.6528
156.2991-3.4328-3.77328.65562.73992.3329-1.5863-0.99560.36921.51490.6233-0.7382-0.06880.7030.99410.9608-0.0136-0.20271.62380.16420.64225.9827-33.5461-69.0339
162.3383-3.9591-2.35389.61284.14712.37810.57780.6032.0611-1.284-0.2601-0.5130.484-0.9635-0.36071.31320.21060.01381.17670.13471.3888-3.3406-30.821-66.1089
173.2374-0.9214-2.29893.86782.84062.9586-0.9999-2.4482-1.02730.8951-0.4976-0.5515-0.16542.10011.48231.5920.58680.10281.96060.50371.0244-5.1734-52.9907-65.8321
186.5905-4.5941-4.11654.76083.15535.1518-0.94-0.2018-0.87190.9114-0.10780.38480.1510.56131.04570.9982-0.11580.11041.110.04760.7552-5.9079-57.6088-82.1578
192.4776-1.15060.27650.57640.05160.8051-0.06950.06860.3684-0.0278-0.1522-0.3109-0.10380.12460.10230.23880.0146-0.16670.18180.07730.895920.9858-36.991913.1721
201.95850.51430.44381.00430.01951.4350.1906-0.0910.1530.01430.00780.11750.04840.0109-0.22760.1726-0.0374-0.17670.23030.03520.965122.0992-40.81716.128
211.3223-1.0658-0.81360.87460.59710.9209-0.0087-0.2356-0.1437-0.2023-0.0792-0.1885-0.230.17950.07580.2849-0.0695-0.12750.21110.04420.940322.8882-31.8316.886
220.4892-0.38-0.23490.2990.19130.11050.00080.1057-0.7685-0.1685-0.09670.35430.1522-0.1625-0.10080.3715-0.0307-0.22210.2603-0.04031.438710.7218-33.43647.9475
230.43630.532-0.50387.7567-0.39220.8851-0.0242-0.3834-0.5625-0.56080.1965-0.91240.30330.0789-0.14360.2267-0.066-0.24960.2906-0.02340.764716.4873-40.39024.5289
241.8517-0.96850.36171.99080.47510.8155-0.1304-0.2454-0.69150.2614-0.0447-0.1056-0.0864-0.1250.00350.28920.0976-0.18570.14440.07580.867218.0702-55.541520.7993
252.685-0.42771.29271.6321.75444.18290.1050.869-0.3076-2.3044-0.0483-0.1223-0.25670.0342-0.03371.6262-0.26750.16140.9542-0.06990.63298.4097-68.8709-48.2499
262.4616-0.7003-0.04036.26024.76543.78130.2213-0.01040.01110.78970.3023-0.01880.1733-0.4633-0.42970.97290.05180.161.15090.15170.65444.5471-67.8415-45.32
272.11880.28571.0151.75180.2410.4917-0.19570.15070.2844-0.1025-0.2850.27780.44470.65490.49521.1333-0.04580.15751.3893-0.00960.444514.4985-66.4694-49.7574
286.0329-2.2044-0.45333.9523.77274.1671-0.2963-0.6692-0.6938-0.58150.1581-0.3518-1.07981.14250.0580.9790.07150.29641.83010.18780.747418.2903-68.1457-56.3686
297.09381.0838-3.19689.0494.30554.0290.04760.1737-0.2015-1.8773-1.41461.0671-1.7323-0.41351.28921.21250.4045-0.13431.51850.16430.678-1.5411-58.9585-57.0793
307.27190.19280.42799.86730.30830.03520.12521.3039-0.121.16060.05720.6587-0.31350.1442-0.1551.02440.12230.07121.41170.09410.5576-6.3543-57.1693-40.7196
311.3889-0.27980.17323.41880.38311.9304-0.0227-0.0639-0.2911-0.08530.2763-0.1757-0.10830.0524-0.1470.21830.0376-0.09770.1032-0.00040.74196.6536-66.0829-15.2754
322.06120.0897-0.71580.2375-0.4450.9423-0.0118-0.3540.4155-0.02710.0041-0.0355-0.21690.16910.0460.18290.0436-0.24120.1809-0.02491.0438-2.7215-64.6452-10.4442
331.6348-0.1288-0.31311.2025-0.71091.6861-0.2574-0.0993-0.11690.2089-0.0979-0.0651-0.20180.26150.22440.2051-0.0365-0.10560.263-0.05360.964317.3114-55.6396-16.3919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 72 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 73 through 94 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 108 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 109 through 146 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 147 through 158 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 56 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 108 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 109 through 127 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 128 through 158 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 14 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 15 through 57 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 58 through 94 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 95 through 108 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 109 through 117 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 118 through 127 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 128 through 158 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 14 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 15 through 58 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 59 through 79 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 80 through 108 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 109 through 127 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 128 through 158 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 1 through 14 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 15 through 57 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 58 through 108 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 109 through 117 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 118 through 127 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 128 through 158 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 1 through 57 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 58 through 117 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 118 through 158 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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