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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x5y | ||||||
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タイトル | A membrane protein complex | ||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipopolysaccharide transport => GO:0015920 / lipopolysaccharide floppase activity / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, Q. / Yang, X. / Huang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for lipopolysaccharide extraction by ABC transporter LptB2FG 著者: Luo, Q. / Yang, X. / Yu, S. / Shi, H. / Wang, K. / Xiao, L. / Zhu, G. / Sun, C. / Li, T. / Li, D. / Zhang, X. / Zhou, M. / Huang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4qc2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 240 / Label seq-ID: 2 - 240
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27316.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: PA4461 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 39235.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: PA3827 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 40344.277 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-362 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: PA3828 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG 2000, Hepes, magnesium chloride, HEGA-10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.46→50 Å / Num. obs: 24569 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 134.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.223 / Net I/σ(I): 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4QC2 解像度: 3.465→45.641 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 237.98 Å2 / Biso mean: 145.7939 Å2 / Biso min: 58.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.465→45.641 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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