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- PDB-5x5y: A membrane protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5y
タイトルA membrane protein complex
要素
  • (Uncharacterized protein) x 2
  • Probable ATP-binding component of ABC transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / LPS export ABC transporter permease LptG
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.465 Å
データ登録者Luo, Q. / Yang, X. / Huang, Y.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for lipopolysaccharide extraction by ABC transporter LptB2FG
著者: Luo, Q. / Yang, X. / Yu, S. / Shi, H. / Wang, K. / Xiao, L. / Zhu, G. / Sun, C. / Li, T. / Li, D. / Zhang, X. / Zhou, M. / Huang, Y.
履歴
登録2017年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable ATP-binding component of ABC transporter
A: Probable ATP-binding component of ABC transporter
G: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2134
ポリマ－134,2134
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area54640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.952, 159.868, 166.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 240 / Label seq-ID: 2 - 240

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain BBA

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-binding component of ABC transporter


分子量: 27316.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA4461 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HVV6
#2: タンパク質 Uncharacterized protein / LptG


分子量: 39235.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA3827 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HXH5
#3: タンパク質 Uncharacterized protein / LptF


分子量: 40344.277 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA3828 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HXH4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG 2000, Hepes, magnesium chloride, HEGA-10

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→50 Å / Num. obs: 24569 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 134.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.223 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.6310.31.930.5980.612.0280.97897.5
3.63-3.7712.11.4130.820.4141.4741.05598.8
3.77-3.9413.10.9630.9330.2711.13699.3
3.94-4.1513.60.6780.9490.1870.7041.17699.7
4.15-4.41140.4450.9790.1220.4621.32899.9
4.41-4.7514.10.3010.9910.0820.3121.499.9
4.75-5.2314.30.2320.9920.0630.2411.459100
5.23-5.9814.40.2110.9930.0570.2191.32100
5.98-7.5313.90.1440.9970.040.151.258100
7.53-5012.70.0680.9980.020.0710.99299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QC2

4qc2


解像度: 3.465→45.641 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 1195 4.88 %
Rwork0.2692 --
obs0.271 24463 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 237.98 Å2 / Biso mean: 145.7939 Å2 / Biso min: 58.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.465→45.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9178 0 0 0 9178
残基数----1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65212667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5125587
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2044X-RAY DIFFRACTION18.649TORSIONAL
12B2044X-RAY DIFFRACTION18.649TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4648-3.60350.3751050.30382139224483
3.6035-3.76740.29981280.27862577270599
3.7674-3.9660.30921280.25322594272299
3.966-4.21430.32441420.249425862728100
4.2143-4.53940.27981580.233425982756100
4.5394-4.99570.35631320.230326492781100
4.9957-5.71740.3221310.272326422773100
5.7174-7.19880.33761420.322726712813100
7.1988-45.64540.27441290.27222812294199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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