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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x5r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hydrolase from Listeria innocua | ||||||
要素 | Lin2189 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / crystal structure enzyme | ||||||
機能・相同性 | GyrI-like cyclopropanoid cyclopropyl hydrolase Lin2189-like / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Lin2189 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria innocua serovar 6a | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.644 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Zhou, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a hydrolase encoded by lin2189 from Listeria innocua 著者: Zhang, J. / Zhou, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x5r.cif.gz | 95.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x5r.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5x5r_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5x5r_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5x5r_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5x5r_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3b49S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25363.141 Da / 分子数: 2 / 変異: E157A,E185L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the density map of some residues 由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア) 株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: lin2189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q929T5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.75 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, glycerol, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.644→50 Å / Num. obs: 45205 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.728 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3b49 解像度: 1.644→29.395 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.644→29.395 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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