PDB-5x5l: Crystal structure of response regulator AdeR DNA binding domain i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x5l

タイトル

Crystal structure of response regulator AdeR DNA binding domain in complex with an intercistronic region

要素

AdeR
DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*A)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / bacterial signaling transduction / two-component regulatory system / response regulator / AdeR / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Wen, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insight into how multidrug resistant Acinetobacter baumannii response regulator AdeR recognizes an intercistronic region.
著者: Wen, Y. / Ouyang, Z. / Yu, Y. / Zhou, X. / Pei, Y. / Devreese, B. / Higgins, P.G. / Zheng, F.

履歴

登録	2017年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5x5l.ent.gz	278.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5x5l_full_validation.pdf.gz	517.7 KB	表示
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CIF形式データ	5x5l_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AdeR

B: AdeR

E: AdeR

H: AdeR

M: AdeR

N: AdeR

C: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')

D: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*A)-3')

F: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')

G: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*A)-3')

107 kDa, 10 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.510, 71.380, 78.360
Angle α, β, γ (deg.)	101.96, 104.53, 101.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	A	A	141 - 240	3 - 102
2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	B	B	141 - 240	3 - 102
1	2	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	141 - 239	3 - 101
2	2	LYS	LYS	ASN	ASN	E	C	141 - 239	3 - 101
1	3	LYS	LYS	PRO	PRO	A	A	141 - 240	3 - 102
2	3	LYS	LYS	PRO	PRO	H	D	141 - 240	3 - 102
1	4	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	141 - 239	3 - 101
2	4	LYS	LYS	ASN	ASN	M	E	141 - 239	3 - 101
1	5	LYS	LYS	ASP	ASP	A	A	141 - 238	3 - 100
2	5	LYS	LYS	ASP	ASP	N	F	141 - 238	3 - 100
1	6	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	140 - 239	2 - 101
2	6	ASN	ASN	ASN	ASN	E	C	140 - 239	2 - 101
1	7	ASN	ASN	PRO	PRO	B	B	140 - 240	2 - 102
2	7	ASN	ASN	PRO	PRO	H	D	140 - 240	2 - 102
1	8	ASN	ASN	ASN	ASN	E	C	140 - 239	2 - 101
2	8	ASN	ASN	ASN	ASN	H	D	140 - 239	2 - 101
1	9	ASN	ASN	ASN	ASN	E	C	140 - 239	2 - 101
2	9	ASN	ASN	ASN	ASN	M	E	140 - 239	2 - 101
1	10	ASN	ASN	ASP	ASP	E	C	140 - 238	2 - 100
2	10	ASN	ASN	ASP	ASP	N	F	140 - 238	2 - 100
1	11	ASN	ASN	ASN	ASN	H	D	140 - 239	2 - 101
2	11	ASN	ASN	ASN	ASN	M	E	140 - 239	2 - 101
1	12	ASN	ASN	ASP	ASP	H	D	140 - 238	2 - 100
2	12	ASN	ASN	ASP	ASP	N	F	140 - 238	2 - 100
1	13	ASN	ASN	ASP	ASP	M	E	140 - 238	2 - 100
2	13	ASN	ASN	ASP	ASP	N	F	140 - 238	2 - 100
1	14	DT	DT	DA	DA	C	G	1 - 24	1 - 24
2	14	DT	DT	DA	DA	F	I	1 - 24	1 - 24
1	15	DT	DT	DA	DA	D	H	0 - 24	1 - 25
2	15	DT	DT	DA	DA	G	J	0 - 24	1 - 25

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	AdeR 分子量: 12709.622 Da / 分子数: 6 / 断片: DNA-binding (UNP 139-247) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: adeR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1A0Z5
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPAPAPAPGPTPGPTPGPGPAPGPTPAPAPGPTPGPTPGPGPAPGPA)-3') 分子量: 7891.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPCPTPCPCPAPCPAPCPTPTPAPCPTPCPCPAPCPAPCPTPTPTPA)-3') 分子量: 7463.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→43.821 Å / Num. obs: 27914 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 9.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0171	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X5J

5x5j

解像度: 2.75→43.821 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.832 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / SU B: 53.203 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.684 / ESU R Free: 0.495 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2958	2000	8.5 %	RANDOM
R_work	0.27781	-	-	-
obs	0.27933	21666	83.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.18 Å²	5.79 Å²	-0.71 Å²
2-	-	3.69 Å²	-0.27 Å²
3-	-	-	-2.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→43.821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4653	2007	0	7	6667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.017	6964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.687	9774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	3	13151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.825	5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.831	24.348	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.727	15	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.818	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5208	0.13
1	2	B	5208	0.13
2	1	A	5580	0.13
2	2	E	5580	0.13
3	1	A	5602	0.12
3	2	H	5602	0.12
4	1	A	5268	0.15
4	2	M	5268	0.15
5	1	A	4902	0.15
5	2	N	4902	0.15
6	1	B	5156	0.13
6	2	E	5156	0.13
7	1	B	5240	0.11
7	2	H	5240	0.11
8	1	E	5578	0.11
8	2	H	5578	0.11
9	1	E	5430	0.13
9	2	M	5430	0.13
10	1	E	5004	0.14
10	2	N	5004	0.14
11	1	H	5388	0.12
11	2	M	5388	0.12
12	1	H	5080	0.13
12	2	N	5080	0.13
13	1	M	5074	0.15
13	2	N	5074	0.15
14	1	C	4574	0.06
14	2	F	4574	0.06
15	1	D	4176	0.04
15	2	G	4176	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.58	18	-
R_work	0.468	195	-
obs	-	-	10.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2173	-0.0214	-0.4439	2.9758	0.4377	2.3573	-0.0058	0.0182	0.3012	-0.0841	-0.006	0.3695	-0.2329	-0.3352	0.0119	0.3997	-0.1301	-0.0497	0.1362	-0.0436	0.3174	23.237	31.669	30.776
2	3.743	-0.53	0.8293	2.9893	0.3746	3.0587	-0.0788	0.2212	0.0027	-0.0634	0.0562	0.2865	-0.2675	-0.5261	0.0226	0.4613	-0.1244	0.004	0.2155	-0.0411	0.2739	10.171	7.328	1.155
3	3.313	-1.1409	0.0568	5.1212	-0.4693	2.4831	-0.0814	-0.1532	-0.1109	0.0631	0.0953	0.2846	-0.0664	-0.413	-0.0139	0.3771	-0.1748	-0.0115	0.1775	-0.0301	0.3051	11.804	2.749	27.111
4	5.4076	1.2726	-0.813	3.2078	0.3594	5.1579	-0.2282	-0.0472	0.3532	-0.2356	0.2195	0.1045	-0.4199	-0.2411	0.0086	0.6055	-0.1664	-0.0441	0.0981	-0.0279	0.2667	28.583	31.823	4.536
5	4.1815	-0.7774	1.1817	2.9619	-0.0549	2.6484	-0.1335	-0.4722	-0.1967	0.1733	0.0916	-0.1499	0.2172	0.1797	0.0419	0.4797	-0.1171	-0.0201	0.1727	-0.0204	0.3413	1.094	29.937	51.965
6	6.0971	-1.6721	1.5217	3.0769	-0.0563	1.9786	-0.1425	-0.0409	0.3193	0.0611	-0.0259	0.3835	-0.3456	-0.2512	0.1684	0.5176	-0.1199	-0.0063	0.1054	-0.0446	0.2677	36.407	55.17	44.694
7	2.1339	1.9558	-0.0727	4.7749	0.3322	1.0727	-0.2737	0.1286	-0.2785	-0.6147	0.1274	-0.5754	-0.0003	0.0589	0.1463	0.6114	-0.265	0.0517	0.1292	0.0119	0.3854	33.711	14.568	-5.238
8	1.7568	1.1529	-0.092	3.8723	-0.0122	1.8481	-0.2748	0.0982	-0.0366	-0.5384	0.1874	-0.276	0.0074	0.1358	0.0873	0.5158	-0.244	0.0289	0.1311	-0.0369	0.3356	31.84	13.701	-5.08
9	2.6062	3.1396	0.7051	5.638	0.8198	0.5801	0.0862	-0.2156	-0.5682	-0.054	-0.2287	-0.7278	0.0709	-0.0937	0.1425	0.4968	-0.2871	0.0269	0.1796	0.0281	0.5151	28.998	6.379	36.842
10	2.0552	1.9061	-0.7335	2.7559	-1.5406	1.7171	0.3787	-0.2606	-0.1688	0.3285	-0.4065	-0.297	-0.0782	0.1523	0.0278	0.6212	-0.3276	0.0096	0.2103	0.0121	0.6531	28.78	8.568	36.777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	141 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	140 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	140 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	140 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	140 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	N	140 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	0 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	1 - 24
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	0 - 24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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