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万見
- PDB-5x57: Structure of GAR domain of ACF7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x57
タイトルStructure of GAR domain of ACF7
要素Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5
キーワードSIGNALING PROTEIN / functional class
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuron projection arborization / microtubule minus-end binding / regulation of epithelial cell migration / intermediate filament cytoskeleton organization / Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of microtubule-based process / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / regulation of cell migration ...regulation of neuron projection arborization / microtubule minus-end binding / regulation of epithelial cell migration / intermediate filament cytoskeleton organization / Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of microtubule-based process / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / regulation of cell migration / wound healing / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / microtubule / cytoskeleton / cadherin binding / calcium ion binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Spectrin repeat / : / Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain ...Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / GAR domain / GAR domain superfamily / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / GAR domain profile. / Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain / Spectrin repeat / : / Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Spectrin-like repeat / Plectin repeat / Plakin / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/4/5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yang, F. / Wang, T. / Zhang, Y. / Wu, X.Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: ACF7 regulates inflammatory colitis and intestinal wound response by orchestrating tight junction dynamics.
著者: Ma, Y. / Yue, J. / Zhang, Y. / Shi, C. / Odenwald, M. / Liang, W.G. / Wei, Q. / Goel, A. / Gou, X. / Zhang, J. / Chen, S.Y. / Tang, W.J. / Turner, J.R. / Yang, F. / Liang, H. / Qin, H. / Wu, X.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4802
ポリマ－9,4211
非ポリマー591
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.040, 45.990, 25.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 / Spectraplakin protein / 620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein ...Spectraplakin protein / 620 kDa actin-binding protein / ABP620 / Actin cross-linking family protein 7 / Macrophin-1 / Trabeculin-alpha


分子量: 9420.826 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7113-7193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MACF1, ABP620, ACF7, KIAA0465, KIAA1251
発現宿主: bacterial endosymbiont of Idas sp. (バクテリア)
参照: UniProt: Q9UPN3
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate trihydrate, (NH4)2SO4, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.84 Å / Num. obs: 16069 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 30
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.45→28.838 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1652 1608 10.01 %
Rwork0.1261 --
obs0.1301 16069 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数657 0 1 126 784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.78934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.138279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4501-1.49690.21440.11481286X-RAY DIFFRACTION98
1.4969-1.55040.16391420.10131290X-RAY DIFFRACTION100
1.5504-1.61250.161450.0991300X-RAY DIFFRACTION100
1.6125-1.68580.15171440.10011297X-RAY DIFFRACTION100
1.6858-1.77470.18541450.09691300X-RAY DIFFRACTION100
1.7747-1.88590.13811440.09651299X-RAY DIFFRACTION100
1.8859-2.03150.15271470.11231321X-RAY DIFFRACTION100
2.0315-2.23580.141480.11631324X-RAY DIFFRACTION100
2.2358-2.55920.17121480.11981340X-RAY DIFFRACTION100
2.5592-3.22360.17821490.1411336X-RAY DIFFRACTION99
3.2236-28.84360.17161520.16311368X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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